RNA-seq——四、根据序列比对结果筛选差异基因

写在前面——经过前面的一系列分析，我们得到了几个counts数据，接下来就需要根据这些数据来进行分析。本文使用Rstudio，从序列比对结果中筛选出差异基因，目的是（根据不同基因的表达量）找出实验组与对照组的差异。

本文使用的数据见RNA-seq——上游分析练习（数据下载+hisat2+samtools+htseq-count）
参考：
RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释
RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)

1. 合并矩阵并进行注释

rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = FALSE)

# 读取数据
control_1 <- read.table("SRR3589959.count", col.names = c("gene_id", "control_1"))
control_2 <- read.table("SRR3589961.count", col.names = c("gene_id", "control_2"))
treat_1 <- read.table("SRR3589960.count", col.names = c("gene_id", "treat_1"))
treat_2 <- read.table("SRR3589962.count", col.names = c("gene_id", "treat_2"))

# 将数据合并
raw_count <- merge(merge(control_1, control_2, by = "gene_id")