RNA-seq(5): 筛选差异表达基因并注释-学习笔记

最新推荐文章于 2024-08-14 14:43:44 发布

leo12354

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分类专栏：生信分析文章标签：经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/107592850

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本文记录了使用DEseq2筛选RNA-seq数据中的差异表达基因，并通过bioMart进行基因注释的过程。内容包括理解colData和countData表格，以及如何保存和利用筛选结果。此外，还提到了差异表达基因的ID转换方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

参考链接：
DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)

首先需要知道两个表格，如下，具体的讲解在参考链接中也有，在此不赘述。
colData的行名与countData的列名一致（除去代表gene ID的第一列）
在这里插入图片描述

#由于我的R版本进行了升级，到了4.0.2，因此下载的方式进行了更换
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")
library(tidyverse)
library(DESeq2)
setwd("D:/biotech/RNA/aligned")
mycounts<-read.csv("readout.csv")
#把列里面的内容换成dataframe的列，然后删掉ensemble-id 和 gene-name两列内容
rownames(mycounts)<-mycounts[,1]
mycounts<-mycounts[,-1：-2]
head(mycounts)
#head(mycounts)结果，根据自己的情况更改一下使展示的内容只有ID和组别
                   contorl1 contorl2 treat1 treat2 treat3
ENSMUSG00000000001      587      470   1353   1546   1496
ENSMUSG00000000003