最近生信发文突然火了起来,师妹大半夜里夺命连环18call,把我从梦乡里拉出来。“搞什么啊,大半夜的不睡觉啊”“师兄师兄,最近我发现了一个快速发文的方法,你想不想听?”“不想,我想睡觉”“别睡,别睡,你先听我讲完啊,最近我看到有人用数据库发了一篇3分的文章,而且你知道他这个文章花了多久时间就被接受了?我听说这个作者从课题设计到最后被杂志接受,只花了3个月的时间,你听到了吗?师兄,师兄。”“听到了,别大喊大叫了,大晚上的别人会以为我把你怎么了的”“生信套路我刚上学就知道了,去年我就发过一篇生信文章了,你现在大呼小叫的,我当你发现啥新大陆了。”“哇,师兄,你这么厉害啊!那正好,我刚从网上下了点数据,你快教教我接下来该怎么弄?”“淦,你要搞死我啊!”“罢了,谁叫我是你师兄呢。”
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但是当我们打开结果文件时,就会看到下面这个场景。
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基因富集分析
基因富集分析 是在一组基因中找到具有一定基因功能特征和生物过程的基因集,在研究差异表达基因、筛选基因的后续分析中经常使用。 常规富集分析必须先做差异筛选,用筛选的基因(无论多少)进行功能富集,这种方式可能由于筛选参数的不合理导致漏掉一些关键信息。 而GSEA无需做差异分析,直接拿所有基因的表达量即可找到实验组和对照组有一致性差异的感兴趣的通路。好处就是,不经筛差异可以保留了这些关键信息,进而找到那些差异不很明显但是基因差异趋势很一致的功能基因集。 当然,常规富集分析和GSEA分析没有说哪个更好,实际应用中能解决问题即可。 2GSEA基因富集分析
基因集富集分析GSEA(gene-set enrichment analysis)。这个操作并不难,主要就是准备符合GSEA要求的数据文件(本地的话4个),关于文件准备,可细见官方说明。 最主要的还是GSEA结果解读。可以看到我们只要按照操作步骤一步一步即可得到GSEA的分析结果。![9ac29a9f3287fa579dcffb4090976e6a.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/9ac29a9f3287fa579dcffb4090976e6a.png)
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