这期分享一篇2024年6月发表于 Molecular cancer (IF 27+)的文章，作者基于多组学分析显示，具有新型致癌簇TRAP1low/CAMSAP3low的细胞在早期子宫内膜癌中表现出更强的侵袭性行为和更差的预后。
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摘 要
早期子宫内膜癌(EC)的临床异质性值得进一步研究，以确定高质量的预后标志物及其在侵袭性肿瘤行为中的潜在作用。TP53突变被认为是EC改良分子分型中重要的主要分诊指标，但仍不能准确预测EC的预后。通过对24例不同生存结局的早期子宫内膜样EC患者的癌及癌旁组织进行蛋白质组学分析，筛选出13个差异表达蛋白，并通过单细胞转录组(scRNA-seq)进一步鉴定了2个富集于p53信号通路的蛋白。有趣的是，肿瘤坏死因子1型受体相关蛋白(TRAP1)和钙调素调节的谱蛋白相关蛋白家族成员3 (CAMSAP3)在特定细胞簇中被发现显著下调。意料之中的是，TRAP1low/CAMSAP3low集群的特征基因包括经典的癌基因。此外，在系统阐明了TRAP1low/CAMSAP3low与肿瘤微环境(TME)的关系后，我们观察到骨髓细胞与TRAP1low/CAMSAP3low簇之间存在密切的细胞相互作用。免疫组化检测TRAP1和CAMSAP3的表达。因此，我们利用多组学技术构建了一个结合TRAP1、CAMSAP3和TP53的新型预测模型。与曲线下面积相比，对TCGA库EC患者的诊断效能有显著提高。总之，这项工作通过蛋白质组学和scRNA-seq改善了目前关于早期EC预后的知识。这些发现可能会改善早期EC患者的精确风险分层。
文章研究思路及流程：
本研究首先使用蛋白质组学比较不同预后的早期子宫内膜癌(EC)患者的蛋白质。LASSO回归法鉴定了13个关键蛋白。经过全面的文献回顾和蛋白质功能预测和分类，我们确定了参与p53信号通路的5个关键蛋白。通过单细胞转录组(scRNA-seq)证实了这些蛋白的表达。细胞亚群之间的相互作用以及TRAP1low/CAMSAP3low簇与肿瘤微环境(TME)之间的细胞间通讯受到了特别的关注。最后，通过免疫组织化学(IHC)和TCGA数据库的数据验证预后蛋白。在此基础上，建立并优化了基于tp53的早期EC预后预测模型。
生信分析流程
数据集选择
蛋白组学测序：24个患者
单细胞转录组测序：8人
免疫组学测序：24人
基因组学验证：EC-TCGA 167人
基因集选择
p53信号通路
生信分析方法
根据文章的分析流程提取所有的分析内容，整理出来就10个分析条目，每个条目都包括分析的内容，这些分析构成了整个文章，本文基于单细胞转录组、蛋白质组及基因组分析结合多种实验结果的干湿类文章，下面我们就看看哪些分析可以利用桓峰基因公众号的教程来实现，点击分析条码就会跳转到对应公众号的教程，跟着教程做，您也能发轻松发高分，如下：
单细胞相关分析:
3.单细胞细胞间通信第一部分细胞通讯可视化(CellChat)
4.least absolute shrinkage and selection operator(LASSO)
10.绘图相关方法：
研究结果
1. 早期EC预后蛋白的多组学鉴定及亚型特征的揭示
A 不同组TRAP1、CAMSAP3、NUMA1的ROC曲线。
B 基于GSEA的TRAP1、CAMSAP3和numa1相关信号通路。
C t-SNE图显示重新聚类后上皮类型的聚类。
D 重新聚类后不同亚群顶端基因的热图。
E 小提琴图显示重组后各组中TRAP1、CAMSAP3和NUMA1的平均表达量。
F TRAP1low/CAMSAP3low聚类的GSEA分析。
G TRAP1low/CAMSAP3low簇和免疫亚群的CellChat图。
H 受体配体对TRAP1low/CAMSAP3low簇和免疫细胞的链。
2. 临床预后蛋白的验证
A 不同预后EC患者癌组织和正常组织中TRAP1、CAMSAP3、NUMA1免疫组化染色代表性图像及不同组预后蛋白表达统计箱图。
B 通过TCGA数据库验证了TRAP1和CAMSAP3在EC早期、晚期和正常患者中的表达。
C 结合TRAP1、CAMSAP3和TP53突变状态预测TCGA EC队列的疾病结局。
D ROC曲线。
3. 用蛋白质组学筛选预后相关蛋白
A 生存患者肿瘤局灶与癌旁组织、死亡患者肿瘤局灶与癌旁组织、生存患者肿瘤局灶与死亡患者肿瘤局灶组织的火山图。
B KEGG通路差异蛋白富集分析。
C 三组差异蛋白相交的维恩图。
D 差异蛋白的LASSO回归分析得出预后相关蛋白及其在不同亚组中的表达。
E 预后相关蛋白在不同亚组中的表达变化。
F 不同组预后相关蛋白的ROC曲线。
G COX4I1和UBL5相关信号通路的GSEA分析。
4. 在转录组水平上分析预后蛋白的衍生细胞亚群
A 5例患者(8个样本)的t-SNE图。
B 主要细胞类型典型标记的t-SNE图。
C 以上5种细胞类型典型标记基因的表达水平。
D Venn图显示了存活患者肿瘤局灶组织和癌旁组织中蛋白质组学鉴定的p53信号通路相关蛋白与scRNA-seq差异基因之间的交叉。
E 条形图显示3个基因在不同细胞类型中的表达。
F 柱状图显示每个样本中主要细胞类型的相对比例。
G t-SNE图显示上皮细胞聚集。
H 不同细胞群上皮细胞的Top基因。
I 上皮细胞典型标记的t-SNE图。
5. 靶蛋白在亚群中的表达
A 小提琴图显示不同簇的平均基因表达在所有的非接合上皮细胞中。
B tSNE图为肿瘤和正常标本中除纤毛上皮细胞外的上皮细胞分布。
C 上皮亚型典型标记的t-SNE图。
D 腺细胞和腔细胞的GSEA分析。
6. 髓细胞，特别是巨噬细胞与TRAP1low/CAMSAP3low簇密切相互作用
A 不同细胞类型间细胞间通讯的CellChat图。
B 免疫细胞的 t-NSE图显示其主要细胞类型。
C 免疫细胞不同细胞亚群中的Top基因。
D 免疫细胞各亚群细胞标记物的表达。
E 骨髓细胞的t-NSE图。
F 骨髓细胞中不同亚群细胞标志物的表达。
G 不同骨髓细胞群的Top基因。
H TRAP1low/CAMSAP3low簇和髓细胞的CellChat图。
I 气泡图显示受体-配体对在TRAP1low/CAMSAP3low簇和髓细胞中的表达。
7. TCGA队列中TRAP1、CAMSAP3和TP53联合突变状态的生存曲线
Reference
Mao X, Tang X, Ye J, et al. Multi-omics profiling reveal cells with novel oncogenic cluster, TRAP1low/CAMSAP3low, emerge more aggressive behavior and poor-prognosis in early-stage endometrial cancer. Mol Cancer. 2024;23(1):127.
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