去除fastq文件中不足四行的

1.下机的fastq文件中四行表示一个reads，但是有的reads 是不足四行的，需要我们去过滤这些reads并且也过滤掉第三行碱基数不等的。下面的python脚本专门处理该fastq文件。

#!/usr/bin/env python
#-*- encoding=UTF-8 -*-
import sys

fa = open(sys.argv[1], "r")
fb = open(sys.argv[1]+".fq", "w")

line_id = 0
for eachline in fa.readlines():
	line_id += 1
	if line_id % 4 == 1:
		read11=eachline.strip()[0]
		if read11!='@':
			line_id=0
			continue
		else:
			read1 = eachline
	elif line_id % 4 == 2:
		read2 = eachline
	elif line_id % 4 == 3:
		read3 = eachline
	else:
		if len(read2)==len(eachline) :	
			fb.write( read1 + read2 + read3 + eachline )
fa.close()
fb.close()

2.使用方法如下：

python /fastq所在的文件的绝对路径

本博主新开公众号， 希望大家能扫码关注一下，十分感谢大家。