最近在做RNA蛋白质位点结合方向的研究,复现大佬代码的过程中,发现其用到了RNAfold的python接口包,其中主要用到了根据RNA序列生成二级结构的功能。
RNAfold官网
链接: https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/index.html.
根据官网提供的源码包,并未找到对应的RNA扩展包,多方查找浪费了很多时间,针对旧版本1.8.4的生成方式,下方链接是做参考比较多的内容,但这种方式对于旧版本是可以的,对于最新版本是行不通的
链接: http://azaleasays.com/2010/05/19/use-rnafold-in-python/l.
对文档的查看发现,最新版本的RNAfold已经提供了Python3接口,但对其源码查看时,却没有提供,由于本机是win10系统,对官网推荐的安装方式(linux命令方式)一直没有尝试,最后走投无路按照官网安装方式进行了安装,问题也因此解决了
在本地虚拟机(Ubuntu 16.0.4)中进行了当前(2021/9/1)最新版本 2.4.18的下载,根据官网操作提示,需要解压安装
tar -zxvf ViennaRNA-2.4.18.tar.gz
cd ViennaRNA-2.4.18
./configure --prefix=/home/username/ViennaRNA
make
sudo make install
做完这一步后,发现在\home\username\ViennaRNA-2.4.18\interfaces\Python3 文件夹内生成RNA拓展包,将其复制到项目python环境中的site-packages文件夹中至此成功加载
加载后的RNA拓展包连接: