在NCBI SRA 下载序列文件

SRA数据库中查找数据

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SRA地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/

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在检索框中查找需要的领域相关信息，查找PR号

根据已知的PR登入号信息检索使用的数据：

下载SRR_Acc_List.txt,里面包含样本的编号文本，下载数据需要根据这个信息读取。

SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用

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安装地址：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

安装后的执行程序在bin里面

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下载数据可以使用下面的命令：

创建相应的输入输出文件夹
复制代码到文本中，修改创建的路径信息和软件安装位置信息，文件后缀为[.bat] 文件、双击运行即可

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion

:: 设置路径变量 需要修改
set "BASE_DIR=C:\Users\lcbio\Desktop\INPUT"
set "OUTPUT_DIR=C:\Users\lcbio\Desktop\OUTPUT"
set "SRATOOLKIT_BIN=D:\software\sratoolkit.3.1.1-win64\bin"
set "PREFETCH_PATH=%SRATOOLKIT_BIN%\prefetch.exe"
set "PREFETCH_OPTION_FILE=C:\Users\lcbio\Desktop\INPUT\SRR_Acc_List.txt"

:: 第一步：执行 prefetch 命令
echo Executing prefetch...
"!PREFETCH_PATH!" --option-file "!PREFETCH_OPTION_FILE!" -O "!BASE_DIR!"
echo Prefetch completed.

:: 确保输出目录存在
if not exist "!OUTPUT_DIR!" (
    echo Creating output directory...
    mkdir "!OUTPUT_DIR!"
    echo Output directory created.
)

:: 第二步：遍历 BASE_DIR 及其子目录下的所有文件夹
for /r "!BASE_DIR!" %%d in (.) do (
    :: 检查当前目录下是否存在 .sra 文件
    if exist "%%d\*.sra" (
        echo Processing folder: "%%d"
        for %%f in ("%%d\*.sra") do (
            :: 获取不包含路径的文件名
            set "FILENAME=%%~nxf"
            :: 构建 fastq-dump 命令并执行，指定输出目录
            "%SRATOOLKIT_BIN%\fastq-dump.exe" -I --split-files "%%f" -O "!OUTPUT_DIR!\!FILENAME!"
            echo Command executed for file: "%%f"
        )
    )
)

echo Done!
pause
endlocal

结果展示：