NCBI序列数据提交

NCBI marker基因测序数据提交

提交时候铭记NCBI数据提交包括三个要素：SRA序列数据、sample、project；project可以包含n个sample，sample可以同时含有n种不同基因的序列数据。

• 提交序列时，可以先建立sample数据（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/）

• 此后创建Project （https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/）
  　　依次填写相关内容，这里提交一个表格或者而网上直接填写，这个表格就是把project含有的sample和SRA序列数据构建起联系，这里的SRA序列是序列文件名称。（或许也可以先上传SRA数据，再通过构建project把SRA和sample联系起来，但我没试过这操作）

• 上传SRA序列数据
  这里需要注意的是SRA文件名必须和project提交表格中的完全一样，要不然会报错。当你的数据不大(<1G）时，可以通过Aspera browser plugin upload，一般1G数据2分钟既可完成。如果数据量比较大，Aspera command line upload（此时，需要一个key file,需要在网页下点击获得）

ascp -i ./aspera.openssh  -QT -l100m -k1 -d D:\xiazia\Release682\MJ20220725202-全长微生物多样性分析-44个样本\rawData subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/email_o3fSPTka

• 然后就可以获得project number，在论文data availability中提及即可。Applied Environmental and Microbiology在审稿阶段就需要看到你的提交信息，可以给他们一个review link既可。

祝大家科研顺利！！！