合并samtools idxstats结果

最新推荐文章于 2022-07-15 19:00:00 发布
最新推荐文章于 2022-07-15 19:00:00 发布
阅读量293 收藏
点赞数
分类专栏： 序列数据处理
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42480153/article/details/109082771
版权

setwd("/mnt/mzy/dairycow/24samples/mappingrate/binsuper")
fileNames <- read.table("list")
read.table("117.DNA.abd")->first
first[,-(3:4)]->first
colnames(first)<-c("genome","genomelength")
for (i in 1:dim(fileNames)[1]){
  read.table(paste(fileNames[i,1]))->tmp
  tmp[,3]->first[paste(fileNames[i,1])]
} 
write.csv(first,file="mappingrate.csv",row.names = F)

马志远的生信笔记
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
samtools 1.7
03-20
samtools源代码. ./configure --prefix=/usr/local && make && make install 安装
[samtools] idxstats bedcov faidx命令简介
睿智如水
11-27 6665
samtools idxstats命令功能简介：         检索和打印已建立索引的bam文件的统计数据，包括参考序列名称、序列长度、比对上的read数量和未比对上的read数量。输出结果显示在屏幕上，以制表符分割。         命令格式：         samtools idxstats           如下图所示:         samtools bedcov命令
samtools idxstats
weixin_30780221的博客
07-16 928
有很多种格式来记录mapping的结果，大多数都收录在UCSC的帮助文档中。在mapping之后，如何对mapping的结果进行评估呢？ 最简单的，就是通过samtools来评估mapping质量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意，这一步之前需要经过sort和index。结果会显示： chr1 195471971 6112404 0 ...
【bioinfo】samtools stats 输出结果解读
lillianqdzpw
07-15 4108
参考： samtools stats # sam or bam input $ samtools stat test.sam > test_sam_stat.txt
samtools常用命令详解
热门推荐
luobailian的专栏
12-15 3万+
samtools常用命令详解 http://www.plob.org/2014/01/26/7112.html 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam
samtools sam查看工具
03-25
samtools是一种多方式处理sam文件的工具，可以将sam文件转换盛bam文件，序列map结果的浏览，call SNPs，计算覆盖深度等
samtools and bwa
03-11
samtools and bwa参数例子
samtools-0.1.9
12-14
breakdancer软件依赖的samtools版本软件，正确的版本有助于breakdancer的使用
bam.bio:一个使用WebAssembly在浏览器中运行samtools基因组学实用程序的游乐场
05-22
安装$ cd web$ npm install$ /usr/bin/python -m SimpleHTTPServer 8000将samtools编译为WebAssembly 参见并运行make samtools 。在WebWorker中运行samtools 使用在WebWorker（即后台线程）内运行samtools，该工具...
samtools使用大全
宁生信
06-08 3万+
samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。 1.View view命令的主要功能是：将sam文件与bam文件互换；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文
[samtools]mpileup命令简介
睿智如水
11-22 3万+
samtools的mpileup命令是一个samtools中一个很重要的命令。它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失，那么每一个输入文件则视为一个样本。        在pileup格式中(没有-u或者-g参数)，每一行代表基因组的位置，由染色体名、1个碱基坐标、参考碱基、reads覆盖该位点的
Samtools应用指南-处理Sam与Bam文件
hs6605015的博客
12-07 5303
安装 去官网下载想要的版本 tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2 cd samtools-1.9 ./configure --prefix=全路径/samtools-1.9 make make install 1.0之前的版本没有configure步骤 下载后直接make COMMANDS 1.view view主要是将sam文件转换成bam文件；对bam文件进行各种操作，如数据排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作
samtools flagstat 统计结果的理解
小猪打呼噜
10-13 2710
14608455 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) ## reads总数 37967 + 0 secondary ##出现比对到参考基因组多个位置的reads数 0 + 0 supplementary ##可能存在嵌合的reads 0 + 0 duplicates ##重复的reads数 14590894.
samtools 序列比对率计算（samtools flagstat）
wt141643的博客
04-29 6236
准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件 samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax 结果解释 从第一行至第十一行分别表示： QC pass的reads的数量为2499971，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads； 重复reads的数量，QC pass和failed 比对到参考基因组上的read...
samtools flagstat命令简介
hs6605015的博客
10-03 1976
samtools flagstat命令简介： 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示。每一项统计数据都由两部分组成，分别是QC pass和QC failed，表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量。以“PASS + FAILED”格式显示。还可以根据samtools的标志位显示相应的内容，但是这里不做讨论。 命令格式： samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram>
samtools 的使用
zhu_si_tao的博客
11-15 9650
1，对fasta文件建立index samtools faidx ref.fasta 注意，  如果你执行命令的地方和参考序列不在同一个目录，参考序列用全路径过相对路径，最后的index结果和参考序列在同一个目录里面，而不是执行命令的目录 在fasta文件中，对于某一个序列，除了最后一行，其他行所含碱基数应该一样。 不同序列每行所含base数可以不一样。但是对于同一个序列，必须遵循上面的规
Samtools安装与使用
wangprince2017
11-18 5695
由于二代测序中普遍采取短读长（50~150bp）的测序策略，在后续分析的流程中需要使用比对软件将reads片段匹配到参考基因组中从而产生比对/匹配文件，进而用于后续流程的分析。 Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索...
samtools 安装
最新发布
06-13
`samtools` 是一个用于处理高通量测序数据（如SAM/BAM/CRAM文件）的实用工具集合，它主要用于数据质量检查、比对和分析等步骤。为了安装`samtools`，你需要确保你的系统是Linux或macOS，因为它是基于Unix的。下面是安装`samtools`的一般步骤： 1. **检查是否已安装**：首先，打开终端（Linux/Mac）或命令提示符（Windows），运行 `samtools --version`。如果已经安装，你会看到版本信息；如果没有，会提示未找到命令。 2. **下载预编译二进制包**：如果你的系统是Linux且是常见发行版（如Ubuntu、Debian或CentOS），你可以从软件包管理器（如apt或yum）获取。例如在Ubuntu上： ``` sudo apt-get install samtools ``` 3. **对于macOS用户**，可以使用Homebrew： ``` brew install samtools ``` 4. **对于其他系统或非标准仓库**： - 如果你的系统不是上述的，你可能需要从官方网站 [The Samtools Project](http://www.htslib.org/download/) 下载最新的samtools源代码。 - 解压缩下载的tar.gz文件，进入目录，然后执行 `make` 和 `make install` 命令。 ``` tar -xzf samtools-XX.XX.tar.gz cd samtools-XX.XX make sudo make install ``` 其中XX.XX替换为实际的版本号。 5. **验证安装**：安装完成后，再次运行 `samtools --version`，确认已经成功安装并且能看到版本信息。 如果你遇到安装问题，可能需要查看相应的文档或在网上搜索特定系统的安装指南。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值