qiime安装(miniconda)

1. 下载miniconda, https://conda.io/miniconda.html (python2.7, 64位版本)
2. cd进入文件所在文件夹
3. 
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路确认,最后安装的目录在主目录下/home/user/miniconda2
4. 添加路径
export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH
5.检验
conda list
6.配置环境并安装
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
7.使用前激活qiime
source activate qiime1
8.退出qiime
source deactivate
9.卸载qiime(没事别瞎试,这个软件安装配置不容易)
conda remove --name qiime1 --all 
PS:conda安装后有些问题,不知道为什么,每次使用都要重新添加路径,不过问题不大
PATH=~/miniconda2/bin:$PATH
source activate qiime1


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### 回答1: 您可以按照以下步骤在Miniconda安装Qiime: 1. 打开终端并启动Miniconda。 2. 创建一个新的环境并激活它: ``` conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda conda activate qiime1 ``` 3. 安装Qiime: ``` conda install qiime ``` 如果您遇到任何依赖项的问题,可以使用以下命令: ``` conda install -c bioconda/label/cf201901 "package_name" ``` 将“package_name”替换为缺少的包的名称。 4. 安装完毕后,您可以通过输入以下命令来检查Qiime是否已成功安装: ``` print_qiime_config.py -t ``` 如果您看到一条消息,指示“qiime-scripts”已安装并且路径正确,则说明安装成功。 希望这可以帮助您安装Qiime! ### 回答2: Miniconda是一个轻量级的Anaconda发行版,用于简化Python环境的管理和软件包的安装Qiime是一个用于微生物组学分析的开源软件包,用于处理和分析DNA测序数据。下面是使用Miniconda安装Qiime的步骤: 1. 首先,你需要从Miniconda的官方网站(https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html)下载适合你操作系统的安装程序并进行安装。 2. 安装完成后,打开终端(在Windows上打开Anaconda Prompt),创建一个新的虚拟环境。运行以下命令: ``` conda create -n qiime2-2021.4 python=3.8 ``` 其中,`qiime2-2021.4`是环境的名称,`python=3.8`是指定Python版本为3.8。你可以根据需要修改环境名称和Python版本。 3. 创建环境后,激活该环境: ``` conda activate qiime2-2021.4 ``` 4. 激活环境后,添加BiocondaQiime的依赖库。运行以下命令: ``` conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda conda config --add channels qiime2/label/r2021.4 conda install qiime2 ``` 5. 安装完成后,运行以下命令使Qiime可用: ``` qiime --help ``` 如果能显示Qiime的帮助信息,则说明安装成功。 通过上述步骤,你可以成功使用Miniconda安装Qiime并开始进行微生物组学分析。

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