CADD课程学习（10）-- 模拟不同体系与蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）

最新推荐文章于 2024-04-25 22:07:58 发布
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CADD课程学习（10）-- 模拟不同体系与蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质控制和调节。其中，多数蛋白质是作为蛋白质复合物中的一部分参与细胞的代谢过程。因此，研究蛋白质间的相互作用是理解生命活动的基础

蛋白蛋白相互作用


研究方法：酵母双杂交系统，噬菌体展示技术，等离子共振技术，免疫共沉淀技术，pull-down技术

ZDOCK








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蛋白与蛋白互作预测 蛋白互作预测protein
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要进行LPR1-SEPP1复合物的结合亲和力预测，您可以按照以下步骤进行：获取蛋白质结构数据：首先，您需要获取LRP1和SEPP1的晶体结构数据。这可以通过X射线晶体学、核磁共振等实验方法来获得。可以在专业数据库（如Protein Data Bank）中搜索相应的结构数据或联系相关研究人员。准备蛋白质结构文件：将获得的LRP1和SEPP1的结构数据以PDB或mmCIF格式保存为文件。确保文件中包含完整的蛋白质链、配体或者其他交互分子的信息。
ZDOCK linux 下载（无需安装）、配置、使用
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LD_LIBRARY_PATH 环境变量未配置，请查找相关博客，stackoverflow中有解决办法（本人使用方法1解决无效）提供了解决办法，但是本人无法从博客中提到的下载链接中下载相应的文件，因此重新整理以下解决方法。查找 libmpi.so.0，发现没有这个文件，但是能够找到 libmpi.so。2）结果：生成2000个结果pdb，complex1.1.pdb是得分最高的。修改 libmpi.so 文件为 libmpi.so.0。2）mpiexec命令会报错，需要安装的包：OpenMPI。
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zdock 全版本（Linux）
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07-01
在当前的生物医学研究中，人工智能（AI）和机器学习（ML）正逐渐渗透到各个领域，其中包括预测蛋白质与小分子间的相互作用。这一技术在计算机辅助药物设计（CADD）中扮演着至关重要的角色，它能有效加速药物研发过程...
GPT-4再掀AI研发热潮，从CADD到AIDD药物「智造」进展如何？
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云计算-中药方剂桃仁红花煎的计算药理学研究.pdf
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总的来说，这篇研究通过云计算和计算药理学方法，揭示了桃仁红花煎中化合物与心血管疾病相关靶标之间的相互作用，为中药现代化和中药方剂的药理研究提供了新的视角。这种计算方法的应用有助于筛选出潜在的活性成分，...
数据库课程设计--水电管理系统.doc
05-09
数据库课程设计--水电管理系统 database系统设计是为了解决当前社会发展中的水电管理问题，旨在提供一个安全、合理的用电用水管理系统。该系统能够实时跟踪客户的用电和用水情况，实现计划用电、优化用电、加强有序...
ZDOCK -- libg2c.so.0: cannot open shared object file
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10-18 1386
在Centos7上运行ZDOCK，遇到报错： [user@localhost zdock3.0_XL_linux_64bit]$ ./mark_sur P37108_u.pdb.ms new.pdb ./mark_sur: error while loading shared libraries: libg2c.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 查找 /usr/lib 、/usr/lib64目录下没有libg2
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