CADD课程学习（13）-- 研究蛋白小分子动态相互作用-I(GROMACS)

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分子动力学基本原理

分子动力学（Molecular Dynamics-MD）一门结合物理，数学和化学的综合技术。
分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。

起始构型
分子模拟的基础：选择一个能量较低的起始构型，一般分子的起始构型主要来自实验数据或量子化学计算；

在确定起始构型之后，要赋予构成分子的各个原子速度，这一速度是根据波尔兹曼分布随机生成的，由于速度分布符合波尔兹曼统计，因此在这个阶段，体系的温度是恒定的。另外，在随机生成各个原子的运动速度之后须进行调整，使得体系总体在各个方向上的动量之和为零，即保证体系没有平动位移。

平衡相
由上一步确定的分子组建平衡相，在构建平衡相的时候会对构型、温度等参数加以监控。

成品相
进入生产相之后，体系中的分子和分子中的原子开始根据初始速度运动，可以想象其间会发生吸引、排斥乃至碰撞，这时就根据牛顿力学和预先给定的粒子间相互作用势来对各个粒子的运动轨迹进行计算。在这个过程中，体系总能量不变，但分子内部势能和动能不制相互转化，从而体系的温度也不断变化，在整个过程中，体系会遍历势能面上的各个点计算的样本正是在这个过程中抽取的。

结果分析
用抽样所得体系的各个状态，计算当时体系的势能，进而计算构型积分。

牛顿力学

将微观粒子视为经典粒子，服从Newton第二定律：

若各粒子的瞬时受力已知，可用数值积分求出运动的经典轨迹

作用势与动力学计算

作用势的选择与动力学计算的关系极为密切，不同的作用势，体系的势能面会有不同的形状，相应分子运动和分子内部运动的轨迹也会不同，进而影响到抽样的结果和抽样结果的势能计算。
在计算宏观体积和微观成分关系的时候主要采用刚球模型的二体势；计算系统能量，嫡等关系时早期多采用Lennard-Jones、morse势等双体势模型；对于金属计算，主要采用morse势。一般应用中，通过第一性原理计算结果拟合势函数的L-J，morse等势模型的应用仍然非常广泛。
作用势常见函数表达形式为：

分子动力学对势能函数的依赖性：所有从分子动力学计算出来得到的宏观性质最终都取决于势能模型

时间步长与约束动力学

分子动力学计算的基本思想是赋予分子体系初始运动状态之后利用分子的自然运动在相空间中抽取样本进行统计计算，时间步长就是抽样的间隔，时间步长的选取对动力学模拟非常重要。

• 太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；
• 太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力；
• 一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一；
• 温度越高，步长应该有所减小

不同性质的作用力采取不同的步长，复杂分子体系可采用复合步长（r-RESPA），可以大大提高运行速度

周期性边界条件

了重现实际体系的统计行为，模拟体系需要足够多的数量的粒子，但是计算机只能处理有限个粒子。

取较小的模拟体系作中心原胞，令其在空间进行重复排列

计算机实际处理的是原胞内数量较少的粒子

用有限的微观分子体系是模拟实际宏观体系的必要手段