CADD课程学习（13）-- 研究蛋白小分子动态相互作用-II(水中的溶菌酶 GROMACS)

CADD课程学习（13）-- 研究蛋白小分子动态相互作用-II(水中的溶菌酶 GROMACS)

案例一：模拟体系：水盒子中的蛋白质（溶菌酶，lysozyme）及离子

本案例为一个蛋白质（溶菌酶，lysozyme）加上离子在水盒子里的模拟过程。
官方教程链接：http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html
非官方中文翻译链接：http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/
下载地址：http://public-ehs.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/packages/Lysozyme.targz本教程适用于2018.x以上GROMACS版本

整体步骤

本案例需要的外部文件及跑完分子模拟的结果文件：
链接：https://pan.baidu.com/s/1jgoJR_kBSH4tdrTpBw4D0Q
提取码：asd8

第一步：准备拓扑文件

PDB 网站下载溶菌酶（PDBID：1AKI）


GROMACS基础：
获得GROMACS某一模块的帮助信息。可使用：
gmx help (module)
或
gmx (module) -h
使用时只要将其中的（module）替换为要查询的命令的实际名称即可.相关信息会输出到终端，其中包括可用的算法，选项，需要的文件格式/已知的缺陷和限制，等等，对GROMACS的新用户来说，查看常用命令的帮助信息是了解每个命令功能的有效方式。

处理pdb文件
查到是是否有断链，去掉结晶水分子，保存新的PDB（1AKI_clean.pdb）
方法一：在pymol中只保存蛋白部分
方法二：文本编辑器（如Notepad中，不要用Word，易出错），直接删掉PDB文件中与结晶水相关的行（残基为“HOH”的行）即可
方法三：grep -v HOH 1aki.pdb>1AKI_clean.pdb
注意：注意意检查pdb文件中MISSING注释下面列出的项，这些项代表了在晶体结构文件中缺失的那些原子鼓残基：在模拟中，未端区域的缺失可能并不会引起问题，但缺失原子的不完整内部序列或任何氨基酸残基都将导致pdb2gmx程序运行失败，必须使用其他软件对这些缺失的原子/残基进行建模并补充完整（如薛定谔或MOE等准备蛋白）。

使用：pdb2gmx模块
可产生：

1. 分子拓扑文件
2. 位置限制文件
3. 后处理结构文件
   拓扑文件（默认为topol.top）包含了定义模拟中质用分子的质有必需信品，包适非续参数（原子类型和电荷）和键合参数（键长，键角和二面角）

执行代码：gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce
pdb2gmx将处理结构，输出一些相关信息后，提示你选择一个力场：

力场包含了将要写人到拓扑文件中的信息。这个选择非常重要！
你必须仔细了解每个力场，并决定哪个力场最适用于你的体系。
在本教程中，我们选用全原子OPLS力场，因此在命令提示行中输入15，然后回车

上一条命令的其他参数：
pdb2gmx程序还接受很多其他选项，下面列出常用的几个：

• -ignh:忽略PDB文件中的氢原子，对NMR结构非常有用，否则，如果存在氢原子，它们的名称和顺序必须与GROMACS力场中的完全一样，对氢原子存在各种不同的约定所以处理起来有时让人很头疼！如果你需要保留初始氢原子的坐标但需要重命名，可以试试Linux的sed命令
• -ter：交互式地为N未端和C末端分配电荷态
• -inter：交互式地为Glu(谷氨酸)，Asp(天冬氨酸)，Lys(赖氨酸)，Arg(精氨酸)和His指定电荷态，选择涉及二硫键的Cys(胱氨酸)
  现在你已经得到了三个新的文件1AKI_processed.gro，topol.top和posre.itp 1AKI_processed.gro 是GROMACS格式的结构文件，包含了力场中定义的所有原子即，已经将氢原子加到蛋白质中的氨基酸上了）.topol.top文件是体系的拓扑文件（稍后会解释）posre.itp文件包含了用于限制重原子位置的信息（后面解释）。