CADD课程学习(10)-- 模拟不同体系与小分子相互作用(MOE)

本文介绍CADD课程中使用MOE模拟不同体系的生物分子相互作用,包括蛋白-多肽、金属蛋白-小分子、蛋白-核酸、蛋白-共价小分子及小分子-小分子对接。重点探讨了共价抑制剂的特点和反应类型,并提供实际操作案例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

CADD课程学习(10)-- 模拟不同体系与小分子相互作用(MOE)

当前生物分子相互作用体系众多,本部分将对一下体系进行对接模拟拓展,主要包括:

  1. 蛋白-多肽、类多肽相互作用
  2. 金属蛋白-小分子相互作用
  3. 核酸-小分子相互作用
  4. 蛋白-小分子共价相互作用
  5. 小分子-小分子相互作用
  6. 蛋白蛋白相互作用

MOE界面

在这里插入图片描述

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案例一:蛋白-多肽、类多肽对接




相互作用分析:
下图显示类多肽抑制剂N3与SARS-Cov-2的3CL 蛋白的Gly143,His163,His164,Glu166,Gln189,Thr190形成氢键相互作用,与Cys145形成共价键,与Leu141,Met165,Ala191,Phe140,Met49等形成疏水作用。

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