CADD课程学习(10)-- 模拟不同体系与小分子相互作用(MOE)
当前生物分子相互作用体系众多,本部分将对一下体系进行对接模拟拓展,主要包括:
- 蛋白-多肽、类多肽相互作用
- 金属蛋白-小分子相互作用
- 核酸-小分子相互作用
- 蛋白-小分子共价相互作用
- 小分子-小分子相互作用
- 蛋白蛋白相互作用
MOE界面
设置背景
案例一:蛋白-多肽、类多肽对接
相互作用分析:
下图显示类多肽抑制剂N3与SARS-Cov-2的3CL 蛋白的Gly143,His163,His164,Glu166,Gln189,Thr190形成氢键相互作用,与Cys145形成共价键,与Leu141,Met165,Ala191,Phe140,Met49等形成疏水作用。