smina 基于结构的虚拟筛选

最新推荐文章于 2024-07-08 22:09:55 发布

发呆的比目鱼

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分类专栏： DrugAi 文章标签： linux 运维

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smina 基于结构的虚拟筛选

安装

下载：

!wget https://sourceforge.net/projects/smina/files/smina.static/download -O smina.static

修改执行权限

!chmod u+x smina.static

或者conda安装

conda install -c conda-forge smina

使用方式

config.txt文件中只放置了配体文件、受体文件、输出文件。

smina --config config.txt --autobox_ligand arg #arg为小分子配体文件

这里的autobox_ligand应该放置crystal_ligand。放置的是蛋白质受体的天然结晶配体。

参数

# arg表示该参数后面需要加参数
 -r [--receptor] arg刚性受体（PDBQT）
 --flex arg      柔性侧链（PDBQT）
 -l [--ligand] arg  配体（s）
 --flexres arg  特别的柔性侧链，通过逗号分隔 chain:resid
 --flexdist_ligand arg 用于flexdist的配体
 --flexdist arg  该参数表示flexdist配体多少距离以内设为柔性配体
 
 搜寻空间 (required):
  --center_x arg        X中心坐标
  --center_y arg        Y中心坐标
  --center_z arg        Z中心坐标
  --size_x arg          X尺寸大小 (Angstroms)
  --size_y arg          Y尺寸大小 (Angstroms)
  --size_z arg          Z尺寸大小 (Angstroms)
  --autobox_ligand arg  自动创建盒子的配体
  --autobox_add arg     若为自动创建盒子，那么缓冲空间的数量，默认为+4
  --no_lig              无配体;对于取样/最小化柔性残基
 
评分和最小化设置:
  --custom_scoring arg         自定义得分文件
  --score_only                 配体姿势得分
  --local_only                 使用盒子进行局部搜索 (可能需要附带使用 --minimize)
  --minimize                   能量最小化
  --randomize_only             生成随机姿势，避免空间位阻
  --minimize_iters arg (=0)    最陡下降法迭代数量，默认值是无法收敛的，我用的ahr为5000，可以用gmx等软件查看收敛系数
  --accurate_line              使用精确的线性搜索
  --minimize_early_term        S最小化搜索的终止能量 
  --approximation arg          使用的近似 (linear, spline, or exact)
  --factor arg                 近似因子: finer-grained效果较好
  --force_cap arg              最大允许力，低值对于最小化clashing结构更好
  --user_grid arg              用户计算若需要用到的格点文件Autodock map 文件
  --user_grid_lambda arg (=-1) 缩放user_grid和功能得分
  --print_terms                打印所有项目和默认值
  --print_atom_types           打印所有可用原子类型
 
输出设置 (optional):
  -o [ --out ] arg      输出文件，格式根据后缀来
  --out_flex arg        对于柔性残基的输出文件
  --log arg             可设置的log文件
  --atom_terms arg      可设置的输出每个残基的联系值
  --atom_term_data      封装每个残基的联系值进入sd数据
 
Misc (optional):
  --cpu arg                  使用的cpu数量，默认全使用
  --seed arg                 随机种子
  --exhaustiveness arg (=8)  用尽一切的全局搜索
  --num_modes arg (=9)      最大结合模式生成数量
  --energy_range arg (=3)   最好和最低结合之间的数值设置(kcal/mol)
  --min_rmsd_filter arg (=1) rmsd阈值
  -q [ --quiet ]             禁止输出消息
  --addH arg                 自动加氢（默认是执行的）
  --flex_hydrogens           开启氢键转角
 
设置文件 (optional):
  --config arg          以上的设置可以放入这个文件
 
信息 (optional):
  --help                展示帮助
  --help_hidden         展示包含隐藏设置的帮助
  --version             版本

参考

SMINA教程以CDPK1为例 https://kangsgo.cn/p/smina%E6%95%99%E7%A8%8B%E4%BB%A5cdpk1%E4%B8%BA%E4%BE%8B/
smina下载安装：https://sourceforge.net/projects/smina/files/
smina原作者提供的教程：http://bits.csb.pitt.edu/tdtCDPK1/summary.pdf
smina安装中文版：http://kangsgo.com/3.html
smina教程中文版：http://kangsgo.com/5.html
smina conda 安装：https://anaconda.org/bioconda/smina
zinc15数据库：https://zinc15.docking.org/
OpenBabel支持的文件格式一览：https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/FileFormats/Overview.html
视频：https://www.bilibili.com/video/BV1Ta4y1H7yK/?spm_id_from=333.999.0.0