微生物生态学R语言备忘录(keep updating)

R语言备忘录

一、基础知识

1. R语言如何多行注释或去除注释？
   答：选中需要注释的多行R代码后Ctrl + Shift + C
2. 如何多行缩进？
   答：选中需要缩进的多行R代码后按Tab键即可。
3. 如何多行去除缩进？
   答：选中需要缩进的多行R代码后按Shift + Tab键即可。
4. Ubuntu中无法在rstudio上输入汉字？
   答：这是因为在rstudio中没法使用搜狗拼音的原因，但可以在rstudio server中输入汉字。注意，rstudio server与rstudio desktop使用相同的R内核，所以两者不要同时打开。
5. 可以通过library()函数加载包，如果要去除这种加载呢？
   答：可以使用detach()函数。
6. R中如何执行cmd或shell命令

#example in windows
cmd <- "dir"
system(cmd)

二、R在微生物生态学分析中的应用

1. 如何将无根树转换为有根树用于计算unifrac距离？
   答：

library(ape)
phy=multi2di(phy1)

multi2di()transforms all multichotomies into a series of dichotomies with one (or several) branch(es) of length zero.

di2multi()deletes all branches smaller than tol and collapses the corresponding dichotomies into a multichotomy.