教程｜使用Conda安装AlphaFold3-个人记录以及遇到的问题

ZHAAAANNNN-

已于 2025-03-08 23:57:50 修改

阅读量2k

点赞数 13

文章标签： conda alphafold3

于 2024-12-09 15:50:56 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43418716/article/details/144347955

版权

如果有用，感谢收藏、点赞、转发。

经过两天修改使用终于完成af3的安装以及样例测试。

！在clone之前可以看一下自己的编译版本比如：gxx_linux-64和gcc_linux-64 如果不行就利用conda更新

conda install gxx_linux-64 gxx_impl_linux-64 gcc_linux-64 gcc_impl_linux-64=13.2.0 -c conda-forge

可以参考链接: AlphaFold3 conda环境下部署

第一步：创建af3环境

先创建af的env环境，然后可以利用上述语句进行更新编译版本

#create conda env
conda create -n af python=3.11
conda activate af3

第二步：从git中clone alphafold3.git以及pip install相关

git clone https://github.com/google-deepmind/alphafold3.git
cd alphafold3
conda install -c bioconda hmmer
pip install -r dev-requirements.txt
pip install . --no-deps --verbose

可能会遇到的错误

当运行pip install . --no-deps --verbose 可能会遇到如下问题

请添加图片描述
解决方案（仅供参考）：

conda install -c conda-forge gxx_linux-64 gcc_linux-64
安装完后再次运行
pip install . --no-deps --verbose #--verbose可要可不要

当运行pip install . --no-deps --verbose 可能会遇到no zlib.h问题
conda install -c conda-forge zlib

请添加图片描述
解决方案（仅供参考）：

conda install -c conda-forge zlib

下载数据解压缩后大概600+GB

文件夹可以自行创建‘datasets‘/或者data都可以

chmod +x fetch_af3_databases.sh
conda install -c conda-forge zstd
fetch_databases.sh [~/data]
[~/data] 存放数据的路径即可

## 修改权限-MSA修改权限
chmod -R 755 [~/data]

第三步：可以Alphafold_Sample样例测试

build_data

**申请得到af3的参数以后，可以在alphafold3文件下创建model文件夹并将其参数解压缩放入。

python run_alphafold.py --json_path=[filename.json] --model_dir=model/ --output_dir=[test/] --db_dir='datasets'/

解决方案（仅供参考）：

conda install -c conda-forge zlib

出现如下问题：
在这里插入图片描述
解决方案（仅供参考）：

需要更新12.4的cuda驱动具体操作过程查看以下链接

Linux离线状态下安装cuda、cudnn、cudatoolkit
在这里插入图片描述

最后再尝试一遍运行：成功！

在这里插入图片描述
后续再了解各个部分分别代表了什么