minfi 分析甲基化芯片数据-差异分析篇

最新推荐文章于 2023-05-07 19:00:29 发布

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本文介绍了DNA甲基化芯片的差异分析，重点关注DMP（Differentially Methylated Positions）和DMR（Differentially Methylated Regions）。DMP分析用于检测单个CpG位点的差异，而DMR则关注基因组区域的甲基化变化。在实际应用中，分组可以是离散或连续变量，需要根据实验设计来确定。尽管DMR的算法复杂，但在minfi包中提供了方便的分析工具，如dmpFiner和bumphunter。

摘要由CSDN通过智能技术生成

对于DNA 甲基化芯片而言，探针水平的差异针对的是单个CpG位点，在大多数的研究中，比如cancer_vs_normal 中，单个差异的CpG位点并不能作为疾病的特异性的marker 。为了更好的研究实验条件和差异的关系，提出了CpG Region的概念，比如CpG island, CpG island shores, genomic block, generic 2-kb region 等，本质上都是基因组上的一段区域，这个区域内的甲基化水平和疾病更好的关联。

对于甲基化芯片的差异分析，有DMP（Differentially Methylated Positions）和 DMR （Differentially Methylated Regions）两个水平的差异分析。

DMP

在minfi中，使用dmpFinder 函数检测差异甲基化位点，用法示例

> beta  <- getBeta(GRset)
> group <- pData(GRset)$Sample_Group
> dmp    <- dmpFinder(beta, pheno = group  , type = "categorical")
> head(dmp)
             intercept         f         pval        qval
cg19029696 0.009953261 236143.80 4.611238e-11 3.65210e-08
cg27120667 0.011075634 109897.78 2.129062e-10 4.41389e-08
cg10282524 0.010144608  93225