GenomeStudio methylation : 对DNA甲基化水平进行定量

温馨提示：本章内容图片很多，建议在电脑上观看。

通过GenomeStudio的methylation 模块，可以方便的对甲基化芯片数据进行分析。这个软件主要提供了定量和差异两种分析，今天先看一下如何进行定量分析。

在使用软件之前，我们必须先准备好输入文件，需要两种类型的输入文件：

1. 甲基化芯片的原始数据

2. 芯片的注释信息，后缀为 .bpm 的文件

以illumina 官方下载的450K Demo 数据集为例，解压缩之后的文件如下图

HumanMethylation450_15017482_v.1.1.bpm 是450K 芯片的探针注释文件，可以从官网下载得到；5640269011
是芯片的Sentrix_ID, 在这个目录下是该芯片上的12个样本的原始数据，目录结构如下

5640269011/
├── 5640269011_R01C01_Grn.idat
├── 5640269011_R01C01_Red.idat
├── 5640269011_R01C02_Grn.idat
├── 5640269011_R01C02_Red.idat
...
├── 5640269011_R06C02_Grn.idat
├── 5640269011_R06C02_Red.idat

当芯片原始数据和探针注释文件准备好之后，就可以开始分析。
GenomeStudio 软件中有三个概念：

1. project

2. groupset

3. group

分析时，我们首先需要新建一个project ,在这个project 下，包含所有待分析的