bcftools学习笔记(二)

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本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。

1. annotate

annotate命令有两个用途，第一个是用于注释VCF文件，用法如下

bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf

-a参数指定注释用的数据库文件，格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件。在\t分隔的自定义文件中，必须包含CHROM, POS字段；-c参数指定将数据库的哪些信息添加到输出文件中。

第二个用途是编辑VCF文件，比如去除其中的某些注释信息，或者去除某些样本，用法如下

bcftools annotate -x ID,INFO/DP,FORMAT/DP  view.vcf -o remove.id.vcf

-x参数表示去除VCF文件中的注释信息，可以是其中的某一列，比如ID, 也可以是某些字段，比如INFO/DP，多个字段的信息用逗号分隔；去除之后，这些信息所在的列并不会去除，而是用.