IMGT/HLA数据库简介

欢迎关注"生信修炼手册"！

IMGT/HLA 数据库收录了HLA不同Allel 的序列信息，网址如下

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/

最近更新日期为2018年7月11号，版本为3.33.0, 数据库中收录的信息如下

1. 数据概览

数据库中主要收录了HLA I 型和II 型基因的Allel信息，此外，还包含了一些非HLA基因的Allel

2. HLA I 型

对于HLA-I 型基因，包含了经典的HLA-A, HLA-B, HLA-C 等基因，此外，还有部分假基因

3. HLA II 型

HLA II 型基因主要包含了DR, DQ, DP, DO, DM系列基因

4.  其他基因

包含了HFE, MICA, MICB, TAP1, TAP2这几个基因

对于不同的Allel,  除了WHO委员会指定的标准命名外，还提供了一个HLA编号，示意图如下

在如下链接中，可以查看每个allel的详细情况

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/docs/version_r3330.html

带下划线的都是超链接，可以点击查看详细情况。以A*01:01:01:14为例，详细信息如下

该数据库还提供了FTP服务，用于下载不同Allel的基因或者蛋白序列,链接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipd/imgt/hla/

在FTP中，提供了fasta, msf, pir等多种格式，通常下载fasta就可以了，同时提供了dna, rna, protein 3个不同水平的序列

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！