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TarBase是一个有实验证据支持的miRNA靶基因数据库,目前最新版本为v8, 经历了长达10年左右的收集与整理,网址如下
http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex
该数据库中包含了多个物种的miRNA靶基因信息,各个物种相关信息汇总如下
可以看到,主要还是人和小鼠的靶基因信息,占据了90%以上。
对于每个靶基因,都会给出相关的文献,组织类型,检验的方法等数据,数据库中各项信息的数据量汇总如下
通过如下所示的搜索框,可以检索该数据库
可以同时输出miRNA和gene, 也可以只输入其中一种进行检索。输入的miRNA名称需要符合mirBase
数据库中的miRNA名字的格式,对于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID两种格式。
检索结果可以分成以下三级
1. target info
第一级