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有多项研究表明lncRNA与众多生物学过程,复杂疾病相关,为了进一步探究lncRNA在这些生命活动中的具体作用,我们需要对lncRNA的功能进行分析。
在生物信息学中,对于基因功能的挖掘,通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库,但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能,为了利用这些数据库中的信息,我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系,常见的思路有以下几种
通过lncRNA和mRNA之间的相互作用
很多文献和数据库中都有报道的lncRNA与mRNA之间相互作用,也可以通过软件来预测二者之间的结合,通过lncRNA的靶标mRNA, 来研究lncRNA的功能。通过lncRNA与mRNA的共表达
通常认为共表达基因集参与同一通路,或者受到同样的调控,具有相似的生物学功能,利用表达谱数据寻找与lncRNA共表达的mRNA,从而来研究lncRNA的功能。通过ceRNA调控机制
ceRNA是近几年很火的一个概念,指的是各种RNA分子通过竞争性结合miRNA从而发挥调控作用,对于lncRNA而言,通过lncRNA-miRNA-mRNA这种ceRNA机制,将lncRNA关联到mRNA上来,从而去探究lncRNA的功能。
Co-LncRNA
通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络,并通过共表达的mRNA对应的GO和KEGG来研究lncRNA的功能,该数据库的网址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/<