Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库

Co-LncRNA是一个数据库,通过分析lncRNA与mRNA的共表达关系,揭示lncRNA在生物学过程中的作用。利用RNA-seq数据,该库构建了lncRNA与mRNA的共表达网络,并进行GO和KEGG富集分析,提供在线工具进行自定义数据的共表达分析,支持下载数据并查看详细结果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

欢迎关注”生信修炼手册”!

有多项研究表明lncRNA与众多生物学过程,复杂疾病相关,为了进一步探究lncRNA在这些生命活动中的具体作用,我们需要对lncRNA的功能进行分析。

在生物信息学中,对于基因功能的挖掘,通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库,但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能,为了利用这些数据库中的信息,我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系,常见的思路有以下几种

  1. 通过lncRNA和mRNA之间的相互作用
    很多文献和数据库中都有报道的lncRNA与mRNA之间相互作用,也可以通过软件来预测二者之间的结合,通过lncRNA的靶标mRNA, 来研究lncRNA的功能。

  2. 通过lncRNA与mRNA的共表达
    通常认为共表达基因集参与同一通路,或者受到同样的调控,具有相似的生物学功能,利用表达谱数据寻找与lncRNA共表达的mRNA,从而来研究lncRNA的功能。

  3. 通过ceRNA调控机制
    ceRNA是近几年很火的一个概念,指的是各种RNA分子通过竞争性结合miRNA从而发挥调控作用,对于lncRNA而言,通过lncRNA-miRNA-mRNA这种ceRNA机制,将lncRNA关联到mRNA上来,从而去探究lncRNA的功能。

Co-LncRNA通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络,并通过共表达的mRNA对应的GO和KEGG来研究lncRNA的功能,该数据库的网址如下

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/<

  • 0
    点赞
  • 21
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值