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本文解读的文献标题如下
The circRNA circAGFG1 acts as a sponge of miR-195-5p to promote triple-negative breast cancer progression through regulating CCNE1 expression
通过高通量测序和后续的功能验证,挖掘出三阴性乳腺癌中的一个ceRNA调控功能网络,网址如下
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0933-7
三阴性乳腺癌是最为恶性的一种乳腺癌亚型,占所有乳腺癌病理类型的15%左右,对应癌组织的免疫组织化学检验结果为雌激素受体(ER), 孕激素受体(FR), 原癌基因(Her-2)三者均为阴性,其名称也由此而来,简称TNBC。该疾病在年轻女性中更为常见,由于缺少相应的分子靶点研究,化疗是目前唯一有效的治疗方式,但是复发率高,而且预后效果差。
环状RNA是一类新星的非编码RNA,具有重要调控功能,相关研究表明,环状RNA在多种疾病,尤其是肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。环状RNA可以作为miRNA sponge, 与miRNA结合,从而和该miRNA的其他靶标分子形成竞争关系,构成ceRNA调控网络,关于ceRNA机制的研究在多种癌症中被报道。
本文以环状RNA在三阴性乳腺癌中的作用为切入点,尝试去寻找相应的分子靶点,综合了高通量测序,TCGA公共数据挖掘,功能验证等多种手段来进行分析,概括如下
1. 环状RNA表达谱分析
首先从4个TNBC患者采集了癌和癌旁组织进行RNA_seq测序,构建去rRNA的文库,进行mRNA和circRNA的表达谱分析。对于环状RNA表达谱,以fold change 大于2,p值小于0.05为阈值,筛选出了354个差异表达的环状RNA, 其中47个上调,307个下调, 火山图结果如下