文献解读|circAGFG1通过miR-195-5p调控CCNE1的表达促进三阴性乳腺癌的发展

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本文解读的文献标题如下

The circRNA circAGFG1 acts as a sponge of miR-195-5p to promote triple-negative breast cancer progression through regulating CCNE1 expression

通过高通量测序和后续的功能验证，挖掘出三阴性乳腺癌中的一个ceRNA调控功能网络，网址如下

https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0933-7

三阴性乳腺癌是最为恶性的一种乳腺癌亚型，占所有乳腺癌病理类型的15%左右，对应癌组织的免疫组织化学检验结果为雌激素受体(ER), 孕激素受体(FR), 原癌基因(Her-2)三者均为阴性，其名称也由此而来，简称TNBC。该疾病在年轻女性中更为常见，由于缺少相应的分子靶点研究，化疗是目前唯一有效的治疗方式，但是复发率高，而且预后效果差。

环状RNA是一类新星的非编码RNA,具有重要调控功能，相关研究表明，环状RNA在多种疾病，尤其是肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。环状RNA可以作为miRNA sponge, 与miRNA结合，从而和该miRNA的其他靶标分子形成竞争关系，构成ceRNA调控网络，关于ceRNA机制的研究在多种癌症中被报道。

本文以环状RNA在三阴性乳腺癌中的作用为切入点，尝试去寻找相应的分子靶点，综合了高通量测序，TCGA公共数据挖掘，功能验证等多种手段来进行分析，概括如下

1. 环状RNA表达谱分析

首先从4个TNBC患者采集了癌和癌旁组织进行RNA_seq测序，构建去rRNA的文库，进行mRNA和circRNA的表达谱分析。对于环状RNA表达谱，以fold change 大于2，p值小于0.05为阈值，筛选出了354个差异表达的环状RNA, 其中47个上调，307个下调， 火山图结果如下

根据fold change分别从上调和下调的环状RNA中挑选10个最显著的环状RNA绘制热图，结果如下

其中hsa_circ_9958514是差异最大的，fold change为15.04，该环状RNA来源于AGFG1基因，来circBase数据库中有详细注释，挑选这个环状RNA进行后续验证。

2. mRNA表达谱分析

对于mRNA的表达谱，相同的阈值筛选出了3225个差异的mRNA,其中1007个上调，2218个下调