TCGA肿瘤数据分析专题

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癌症作为人类健康的头号杀手，其研究的意义不言而喻。目前世界范围内已经有大量的肿瘤相关数据，鉴于公共数据库的数据挖掘成为一种趋势。

GEO是一个国际化的开源项目，允许研究者提交自己的数据到该数据库，在世界范围内公开共享自己的数据；TCGA是一个大型癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库。

目前基于公共数据库进行数据挖掘的文献越来越多，本文整理了TCGA, GEO等公共数据库的相关资料。

首先是GEO数据库

• GEO数据库架构介绍

• GEO数据库中platform信息详解

• GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

接下来是TCGA

• TCGA数据库简介

• 使用GDC在线查看TCGA数据

• 使用gdc-client批量下载TCGA数据

• 一文搞懂TCGA中的分析结果如何来

• 通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据

• 使用GDC API查看和下载TCGA的数据

• 使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息

• 使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

• 使用TCGAbiolinks进行生存分析

• 使用TCGAbiolinks分析TCGA中的表达谱数据

• 使用TCGAbiolinks进行甲基化和转录组数据的联合分析

• UCSC  Xena:癌症基因组学数据分析平台

• TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

• SurvNet:基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法

• TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

• TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心

• Broad GDAC:TCGA数据分析中心

• 使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

TCGA中存储的是各种肿瘤的多组学数据和样本临床信息，除了多组学的联合分析和深入挖掘外，还可以结合样本临床信息进行生存分析

• 生存分析详细解读

• 用R语言进行KM生存分析

• 使用OncoLnc进行TCGA生存分析

• 用R语言进行Cox回归生存分析

• 使用kmplot在线进行生存分析

除了TCGA外，肿瘤相关的数据库还有很多

• ICGC:国际肿瘤基因组协会简介

• CCLE:肿瘤细胞系百科全书

• GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台

• HPA:人类蛋白图谱数据库

• DisGeNet:疾病相关的基因与突变位点数据库

• Disease Ontology:人类疾病分类数据库

• Oncomine:肿瘤芯片数据库

• ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库

• oncomirdb:肿瘤相关的miRNA数据库

• TSGene:肿瘤抑癌基因数据库

• NCG:肿瘤驱动基因数据库

• mutagene:肿瘤突变频谱数据库

对于肿瘤组织中浸润的免疫细胞进行研究，也是一个热点

• Cancer-Immunity Cycle:肿瘤免疫循环简介

• TMB:肿瘤突变负荷简介

• 肿瘤微环境:Tumor microenvironment (TME)简介

• 肿瘤浸润免疫细胞量化分析简介

• 使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成

• TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站

• quanTIseq:肿瘤浸润免疫细胞定量分析

以TCGA为代表的肿瘤数据挖掘涉及了各种公共数据库的交叉使用，多组学的联合分析，需要扎实的理论基础和较强的生信分析能力。本公众号对外提供多种组学的数据分析服务，有需求的小伙伴欢迎后台私信，期待与大家的合作。

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