本文介绍了肿瘤数据挖掘的重要性和两个主要数据库——GEO和TCGA。GEO数据库包含全球研究者的共享数据，而TCGA提供了丰富的癌症组学资源。文章详述了如何使用GEO2R进行差异分析，通过GDC访问和下载TCGA数据，并使用TCGAbiolinks进行生存分析、表达谱和联合分析。此外，还提到了多个用于肿瘤数据分析的工具和平台。
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癌症作为人类健康的头号杀手，其研究的意义不言而喻。目前世界范围内已经有大量的肿瘤相关数据，鉴于公共数据库的数据挖掘成为一种趋势。
GEO是一个国际化的开源项目，允许研究者提交自己的数据到该数据库，在世界范围内公开共享自己的数据；TCGA是一个大型癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库。
目前基于公共数据库进行数据挖掘的文献越来越多，本文整理了TCGA, GEO等公共数据库的相关资料。
首先是GEO数据库
接下来是TCGA
TCGA中存储的是各种肿瘤的多组学数据和样本临床信息，除了多组学的联合分析和深入挖掘外，还可以结合样本临床信息进行生存分析
除了TCGA外，肿瘤相关的数据库还有很多
对于肿瘤组织中浸润的免疫细胞进行研究，也是一个热点
以TCGA为代表的肿瘤数据挖掘涉及了各种公共数据库的交叉使用，多组学的联合分析，需要扎实的理论基础和较强的生信分析能力。本公众号对外提供多种组学的数据分析服务，有需求的小伙伴欢迎后台私信，期待与大家的合作。
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