Mutagene是一个收集并分析肿瘤突变数据的数据库，涵盖ICGA、TCGA等多个项目。它提供突变频谱信息，如癌症类型、肿瘤位置、良性样本和癌症基因的突变概况，以及通过非负矩阵分解算法提取的突变特征。用户可以比较不同样本的突变频谱，利用多种距离度量进行聚类和分析。此外，Mutagene支持上传VCF文件并计算自定义突变频谱。
欢迎关注”生信修炼手册”!
mutagene是一个肿瘤突变频谱数据库，从ICGA, TCGA等肿瘤项目中收集整理蛋白编码基因上的体细胞突变数据，分析识别对应的突变频谱，对应的文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下
https://academic.oup.com/nar/article/45/W1/W514/3796332
网址如下
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/mutagene/
通过Explore菜单，可以查看数据库中收录的突变频谱信息，包括两个部分
1. Mutational profiles
根据以下4种条件，分别计算突变频谱
Cancer types
Primary tumor sites
Benign samples
Cancer Census Genes
以肿瘤类型为例，结果示意如下
每个突变频谱用一个MG开头的编号唯一标识，提供了对应的频率分布柱状图，示意如下
最低0.47元/天 解锁文章
1332
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
