gtool是一款操作genotype数据的实用工具，支持格式转换如PED到GEN、GEN到PED，以及子集筛选、合并和SNP方向校正等功能。它简化了GWAS分析中常见的文件格式转换工作，提高了研究效率。
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有很多的软件可以进行GWAS分析，不同软件要求的输入文件格式不尽相同，最常见的文件格式就是plink中的ped/map文件，除此之外还有gen/sample文件格式。
分型文件保存的是样本中SNP位点的分型结果，有样本和SNP分型结果两类信息，首先来看下ped/map系统，ped文件主要用于记录样本的分型结果和其他的表型信息，内容示意如下
每列之间用空格分隔，第一列为样本对应的family id, 第二列为样本的id, 第三列表示父亲样本的id, 第四列表示母亲样本的id, 第五列表示性别，1是男性，2是女性，第六列表示样本的表型信息，没有就用0填充，后面的每一列代表一个snp位点的分型结果。
map文件用于记录SNP位点的信息，内容如下所示
每列之间用空格分隔，第一列为snp位点所在的染色体名称，第二列为snp id，第三列是snp位点的连锁距离，没有的话用0表示，第四列为snp位点在染色体上的位置。
在ped/map文件系统中，ped文件表示样本的家系关系和分型结果，map文件表示snp位点的metadta, 再来看下gen/sample系统，gen文件的内容示意如下
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