Genotype Data (基因型数据) 是什么？

最新推荐文章于 2023-10-08 21:15:00 发布
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分类专栏： 生信数据 数据分析 学习资源 文章标签： 生物信息
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hyena_7
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GTEx:基因型和基因表达量关联数据库
庐州月光的博客
08-13 7586
欢迎关注”生信修炼手册”!GTEx全称如下Genotype-Tissue Expression该项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异...
用PrediXcan基因型数据预测基因表达的准确性在大陆人群之间和内部各不相同
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07-25 1344
Transcriptomic predictors of inflammation-induced depressed mood Using genetic data to predict gene expression has garnered significant attention in recent years. PrediXcan has become one of the most...
geneHapR做基因单倍型分析
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geneHapR基因的单倍型分析
DNA 17. SCI 文章用于分析基因组多样性工具 (rTASSEL)
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03-22 274
基因组生信分析教程DNA 1. Germline Mutation Vs. Somatic Mutation 傻傻分不清楚DNA 2. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftoolsDNA 3. SCI 文章中基因组变异分析神器之 maftoolsDNA 4. SCI 文章中基因组的突变信号（maftools）DNA 5. 基因组变异文件VCF格式详解DNA 6. 基因组变异之绘制精美瀑布图...
【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一 --recodeA
jxm的博客
10-08 1055
-recodeA ： 一个SNP标记只有1列,纯合转换为02，杂合为1（如TT 替换为0, 0是major;--recodeA : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1.--recodeAD：一个标记有2列 （TT 替换为00，AA替换为20；命令：将基因型数据转化为012的raw格式。
fSGAT批量候选基因关联分析丨快速单基因关联分析
青笋的博客
07-26 760
在GWAS中会对大规模样本进行基因组广泛扫描，寻找与表型相关的遗传变异，这些遗传变异通常集中在特定的染色体区域，称为GWAS候选位点。实际的关联分析可能需要进行更多的参数调整和控制，例如加入协变量、选择关联分析方法等，在实际使用GAPIT进行GWAS和关联分析时，建议查阅GAPIT的官方文档和示例来了解更多细节。群体遗传学研究中，关联分析是一种常见的方法，旨在寻找基因和表型之间的关联。：对候选位点进行功能注释，寻找位点附近的候选基因，并评估这些基因与表现型之间的可能关联。
GAPIT输入文件
a2505568381的博客
03-30 1570
GAPIT输入文件1、输入文件1.1 总览1.2 表型数据1.3 基因型数据1.3.1 Hapmap格式1.3.2 数字格式1.4 kinship1.5 协变量1.6 按文件名导入基因型 1、输入文件 1.1 总览 Parameter Default options Description Y NULL（空值） User 表型 KI NULL（空值） User 亲缘关系矩阵 CV NULL（空值） User 协变量 G NULL（空值） User 基因型数据（Hapmap格式）
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邓飞----育种数据分析之放飞自我
07-18 6353
今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。 笔记计划分为四篇： 第一篇：读取plink基因型数据和表型数据 第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控 第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS 第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型） 第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型） 第六篇：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图 1. 下载安装TASSEL软件 官网地址：https://www.maizegenetics.net/tas
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基于matlab实现烟花寻优算法，自己编的.rar
05-04
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使用python对基因型数据处理
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