你听说过Epistasis吗？

欢迎关注”生信修炼手册”!

和单基因孟德尔遗传疾病的研究相比，复杂疾病的研究虽然取得了一定成效，但还远远谈不上成功，因为影响复杂疾病的因素实在是太多了，比如疾病性状相关的基因座数量很多，等位基因的不完全显性，环境因素的影响等等。其中在复杂疾病的遗传学研究中，有一大热点内容Epistasis,通常称之为上位性。

要理解这个概念，我们从遗传学中的基因互作谈起，由多对基因共同决定某一性状的遗传现象，称之为多因一效multigenic effect, 多因一效的不同基因之间存在相互作用。其中，又可以细分为以下两类

1. intragenic interaction, 基因内的互作，指的是等位基因的Allele在决定性状时的关系，就是我们常说的完全线性，不完全显性，共显性等

2. intergenic interaction, 基因间的互作，指的是非等位基因间的互作

上位性就属于非等位基因互作模型中的一种，非等位基因间的互作有多种模型，详细解释如下

1. 互补作用

complementary effect, 该模型下，两对非等位基因决的性状有两种类型，当两对基因都是显性时是一种性状，当一对为显性，或者两对都为隐性时是另外一种性状，以两个基因座B和G为例，示意如下

两对基因都为显性时是黑色，其他情况下是白色。

2. 积加作用

additive effect, 该模型下，两个基因都为显性时是一种性状，都为隐性时是一种性状，其他情况下又是另外一种性状，示意如下

3. 重叠作用

duplicate effect, 该模型下，多个基因对性状的影响是相同的，这些基因可以看做是重复基因，只需要任意一个基因为显性，对应的性状就能表现出来，示意如下

4. 上位作用

epistatic effect, 指的是决定表型时，一个基因对另外一个基因有遮盖作用，以下图数据为例

可以看到，当G为显性时，无论B是什么基因型，都是black的性状，当G为隐性时，根据B的显性和隐性，出现了white和grey两种性状。对于这样的情况，我们称基因G对基因B有遮盖作用，其中起遮盖作用的是G这个显性Allele，基因G是基因B的上位基因。
又分为以下两种

1. 显性上位，epistatic dominance

2. 隐性上位，epistatic recessiveness

区别就在于起遮盖作用的显性还是隐性基因，隐性上位的效果如下

可以看到，当G为隐性时，无论B是什么基因型，都是white的性状；当G为显性时，根据B的显性和隐性，出现了grey和black两种性状。

5. 抑制作用

也称之为显性抑制，指的是一个基因本身并不会对性状造成影响，但是它的显性Allele会抑制另外一个基因的作用，示意如下

可以看到，当基因B为显性时，无论基因G是什么基因型，性状都是white,当基因B为隐性时，基因G的作用得以体现，显性G对应性状black, 隐性g对应性状white。

基因间互作的模式有多种，在复杂疾病的研究中，上位性研究的最为火热。上位性是基因相互作用的一种模式，本质是SNP位点间的一种互作。在进行复杂疾病的GWAS研究时，综合考虑基因型，SNP之间的互作，基因型与环境之间的互作等各种因素，有助于更加精确的进行GWAS分析。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

往期精彩

• 自己动手进行逻辑回归，你也可以！

• odd ratio置信区间的计算，你学会了吗？

• 多元回归分析存在多重共线性了怎么办？

• 基因型与表型的交互作用如何分析，多元回归来搞定

• 曼哈顿图就够了吗?你还需要LocusZoom

• GWAS做完了，下一步做什么？
  

• 逻辑回归or线性回归，傻傻分不清楚

• 没想到你是这个样子的置信区间

• 线性回归的这些细节，你都搞明白了吗？

• 3分钟掌握曼哈顿图的绘制

• 一文搞懂Q-Q plot图的含义

• Cochran-Mantel-Haenszel检验在关联分析中的应用

• plink中case/control关联分析细节解析

• odd ratio值在关联分析中的含义

• Cochran-Armitage趋势检验在关联分析中的应用

  基因型填充

• GWAS中的genotype imputation简介
  

• 基因型填充中的phasing究竟是什么
  

• 基因型填充前的质控条件简介
  

• 使用shapeit进行单倍型分析
  

• gtool:操作genotype data的利器
  

• 使用IMPUTE2进行基因型填充
  

• 使用Beagle进行基因型填充
  

• 使用Minimac进行基因型填充
  

• 使用Eagle2进行单倍型分析
  

• X染色体的基因型填充
  

• 文献解读|不同基因型填充软件性能的比较
  

• Haplotype Reference Consortium:最大规模的单倍型数据库
  

• Michigan Imputation Server:基因型填充的在线工具
  

  CNV分析

• aCGH芯片简介
  

• aCGH芯片分析简介

• 基于SNP芯片进行CNV分析中的基本知识点

• PennCNV:利用SNP芯片检测CNV

• DGV:人类基因组结构变异数据库

• dbvar:染色体结构变异数据库

• DGVa:染色体结构变异数据库

• CNVD:疾病相关的CNV数据库

• DECIPHER:疾病相关的CNV数据库

• 全基因组数据CNV分析简介

• 使用CNVnator进行CNV检测

• 使用lumpy进行CNV检测

• CNVnator原理简介

• WES的CNV分析简介

• XHMM分析原理简介

• 使用conifer进行WES的CNV分析

• 使用EXCAVATOR2检测WES的CNV

• 靶向测序的CNV分析简介

• 使用CNVkit进行CNV分析

• DECoN:最高分辨率的CNV检测工具

  TCGA

• TCGA数据库简介

• 使用GDC在线查看TCGA数据

• 使用gdc-client批量下载TCGA数据

• 一文搞懂TCGA中的分析结果如何来

• 通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据

• 使用GDC API查看和下载TCGA的数据

• 使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息

• 使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

• 使用TCGAbiolinks进行生存分析

• 使用TCGAbiolinks分析TCGA中的表达谱数据

• 使用TCGAbiolinks进行甲基化和转录组数据的联合分析

• Broad GDAC:TCGA数据分析中心

• 使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据
  

• UCSC  Xena:癌症基因组学数据分析平台

• GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台

• TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

• SurvNet:基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法

• TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

• TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心

  生存分析

• 生存分析详细解读

• 用R语言进行KM生存分析

• 使用OncoLnc进行TCGA生存分析

• 用R语言进行Cox回归生存分析

• 使用kmplot在线进行生存分析

  肿瘤数据库

• ICGC:国际肿瘤基因组协会简介

• HPA:人类蛋白图谱数据库

• Oncomine:肿瘤芯片数据库

• ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库

• oncomirdb:肿瘤相关的miRNA数据库

• TSGene:肿瘤抑癌基因数据库

• NCG:肿瘤驱动基因数据库

• mutagene:肿瘤突变频谱数据库

• CCLE:肿瘤细胞系百科全书

• mSignatureDB:肿瘤突变特征数据库

• GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

  肿瘤免疫和新抗原

• Cancer-Immunity Cycle:肿瘤免疫循环简介

• TMB:肿瘤突变负荷简介

• 肿瘤微环境:Tumor microenvironment (TME)简介

• 肿瘤浸润免疫细胞量化分析简介

• 使用EPIC预测肿瘤微环境中免疫细胞构成

• TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站

• quanTIseq:肿瘤浸润免疫细胞定量分析

• The Cancer Immunome Atlas:肿瘤免疫图谱数据库

• 肿瘤新抗原简介

• TSNAdb:肿瘤新抗原数据库

• 使用NetMHCpan进行肿瘤新抗原预测分析

  Hi-C数据分析

• chromosome-territories:染色质疆域简介

• chromosome conformation capture:染色质构象捕获技术

• 3C的衍生技术简介

• 解密Hi-C数据分析中的分辨率

• A/B compartment:染色质区室简介

• TAD:拓扑关联结构域简介

• chromatin loops:染色质环简介

• Promoter Capture Hi-C:研究启动子区染色质互作的利器

• 使用HiCUP进行Hi-C数据预处理

• Juicer:Hi-C数据处理分析的利器

• Juicer软件的安装详解

• Juicebox:Hi-C数据可视化利器

• Juicer实战详解

• HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件

• HiC-Pro实战详解

• 3D Genome Browser:Hi-C数据可视化工具

• HiCPlotter:Hi-C数据可视化工具

• 3CDB:基于3C技术的染色质互作信息数据库
  

• 3DIV:染色质空间互作数据库

• 4DGenome:染色质相互作用数据库

• 4D nucleome project:染色质三维结构研究必不可少的参考项目

• 3dsnp:SNP在染色质环介导的调控网络中的分布数据库

• iRegNet3D:疾病相关SNP位点在三维调控网络中的作用

• 使用WashU Epigenome Browser可视化hi-c数据

• HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

• Hi-C Data Browser:Hi-C数据浏览器

• 使用FitHiC评估染色质交互作用的显著性

• 使用TADbit识别拓扑关联结构域

• 使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

• hi-c辅助基因组组装简介

• 文献解读|使用hi-C数据辅助埃及伊蚊基因组的组装

  chip_seq数据分析

• Chip-seq简介

• chip_seq质量评估之计算样本间的相关性

• chip_seq质量评估之查看抗体富集效果

• chip_seq质量评估之PCA分析

• chip_seq质量评估之coverage分析

• chip_seq质量评估之FRiP Score

• chip_seq质量评估之cross correlation

• chip_seq质量评估之文库复杂度

• depth, bedgraph, bigwig之间的联系与区别

• bigwig归一化方式详解
  

• 使用igvtools可视化测序深度分布

• 使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

• 使用deeptools查看reads分布特征

• 使用phantompeakqualtools进行cross correlation分析
  

• blacklist regions:NGS测序数据中的黑名单

• MACS:使用最广泛的peak calling软件之一

• MACS2 peak calling实战

• 使用SICER进行peak calling

• 使用HOMER进行peak calling

• peak注释信息揭秘

• PAVIS:对peak区域进行基因注释的在线工具

• 使用UPORA对peak进行注释

• 使用GREAT对peak进行功能注释

• annoPeakR:一个peak注释的在线工具

• 使用ChIPpeakAnno进行peak注释

• 使用ChIPseeker进行peak注释

• 使用PeakAnalyzer进行peak注释

• 使用homer进行peak注释

• 利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因
  

  motif

• 关于motif你需要知道的事

• 详解motif的PFM矩阵

• 详解motif的PWM矩阵

• 使用WebLogo可视化motif

• 使用seqLogo可视化motif

• 使用ggseqlogo可视化motif

• MEME:motif分析的综合性工具

• 使用MEME挖掘序列中的de novo motif

• 使用DREME挖掘序列中的de novo motif

• 使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

  chip_seq数据库

• ENCODE project项目简介

• FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ReMap:人类Chip-seq数据大全

• IHEC:国际人类表观基因组学联盟

• Epifactors:表观因子数据库

• GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘

• Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库

• chipBase:转录因子调控网络数据

• unibind:human转录因子结合位点数据库

• chip_seq在增强子研究中的应用

• DENdb:human增强子数据库

• VISTA:人和小鼠的增强子数据库

• EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

• FANTOM5:人类增强子数据库

• TiED:人类组织特异性增强子数据库

• HEDD:增强子疾病相关数据库

• HACER:human增强子数据库

• SEdb:超级增强子数据库简介

• dbSUPER:人和小鼠中的超级增强子数据库

• dbCoRC:核心转录因子数据库

• 使用ROSE鉴定超级增强子

  18年文章目录

• 2018年推文合集

扫描下方二维码，关注我们，解锁更多精彩内容！

生物信息入门

只差这一个

公众号