生信技能--常用函数积累

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常用函数

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没有标注执行结果，一起来敲一敲回忆一下吧～～

筛选

c(1:10)>4

table(c(1:10)>4)

⚠️ c是一个函数，在命名时不要将c命名为一个变量/数据集的名称！！！！

创建/赋值

a=read.table('Desktop/工作/2-生物信息学/R语言/2-文件导入导出/practice-20220117',skipNul = T,header = T)   # 还记得read.table是什么函数不？

b = matrix(rnorm(200), 20, 10)

c = matrix(rnorm(200), 20, 10)    # 不可以这样命名！！！！！！

查看

View(a)       # 查看数据集a的完整内容

dim(a)        #查看变量有多少行、多少列

head(test)    #查看数据集前6行

热图

pheatmap(a)  # 将数据集a画成热图

更多pheatmap相关可以参考同专栏中文章[《生物信息学技能学习--热图》](https://blog.csdn.net/weixin_43664814/article/details/128910934?spm=1001.2014.3001.5501)

文件处理

# 保存文件 
save(b,file='save_doc.Rdata')  # 将b保存为一个Rdata文件

# 导出文件
load(file='Desktop/工作/2-生物信息学/R语言/2-文件导入导出/save_doc.Rdata') # 将文件导入到执行目录，并执行文件名称和类型

数值计算

# 行的平均值
rowMeans(b)

# 行最大值
apply(b,1,max)

# 行最小值
apply(b,1,min)

# 取方差
sort(apply(b,1,sd),decreasing = T)[1:50]  # 从小到大取1-50的方差  sd:方差

# 取随机数
sample(1:nrow(b),50)

# 排序 
sort(apply(b,1,max)) # sort 从小到大排

循环

# for循环

for (i in 1:nrow(b)){
  print(mean(as.numeric(b[i,])))
}

# apply针对矩阵和数据宽的循环,apply将循环进行了包装
apply(b,1,function(x){  
  mean(x)
})

定义函数

# 定义函数：将取行最大值的操作定义一个函数
rowMax = function(){
  apply(x,1,max)    #x是一个变量，在需要操作时传入x的值
}

# 使用函数：取b行的最大值
rowMax(b)