RoseTTAFold是一个基于深度学习的蛋白质结构预测方法，利用多序列比对（MSA）和自注意力机制。它通过1D序列、2D距离图和3D坐标信息的转换和整合，构建了一个三轨神经网络。论文中介绍了从MSA中提取协同进化信息、使用轴向注意力处理MSA和更新配对特征的步骤，以及如何通过SE(3)-Transformer细化3D结构。此外，它还展示了与传统方法的比较，证明了其在准确性上的优势。
（1）论文地址：点击下载
（2）官方代码：https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.
（3）训练数据集：
采用HHblits对UniRef30和BFD序列数据库进行迭代搜索同源序列。序列搜索的E-value截止值逐渐放宽，直到生成的MSA至少有2000个覆盖率为75%的序列，或者5000个覆盖率为50%的序列（均为90%序列标识截止值）。
然后根据生成的MSA通过HHsearch方法在PDB100数据库中搜索模板信息。
HHblits和HHsearch是HH-suite中的两个方法，比同类型的方法速度要快很多。
（4）如何下载sequence和structure databases(UniRef30，BFD，PDB100)
UniRef30:http://wwwuser.gwdg.de/~compbiol/uniclust/2020_06/UniRef30_2020_06_hhsuite.t ar.gz
BFD:https://bfd.mmseqs.com/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz
PDB: https://files.ipd.uw.edu/pub/RoseTTAFold/pdb100_2021Mar03.tar.gz
目录
8、基于pair features中编码的结构信息更新MSA特征：
1、摘要
该方法在AlphaFold的基础上，通过对1D sequence、2D distance map和3D coordinate进行依次转换和整合而提出了一个“three-track neural network”。该网络还能够通过序列信息快速生成准确的蛋白质-蛋白质结构，缩短了传统方法的时间。
2、highlights
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对于1D sequence MSAs派生的逆协方差矩阵；
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用注意力机制代替2D卷积，能够更好地表示序列上距离较远的残差之间的相互作用；
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使用two-track网络体系结构，其中1D sequence和2D distance map的信息进行迭代转换并来回传递;
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使用SE(3)-等变Transformer网络直接精炼由双轨网络生成的原子坐标;
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采用一种端到端学习，从最终生成的三维坐标，通过反向传播，通过所有网络层返回到输入序列，从而优化所有网络参数。
总体的流程图如下图所示：
3、1D track：
首先是cropped MSA（裁剪的MSA），这个操作主要测试了多个不连续的序列（cropped MSA）比一次性预测（uncropped MSA）整个结构更加准确；但是这个裁剪也不是随便裁剪的，主要就是删除一些最不相关的序列；同时也会加快模型运行的速度；（减少内存限制）
4、Initial Embedding:
将cropped MSA作为输入，它的输入格式为：[N×L]，其中N表示MSA中有多少条序列，L表示序列的长度（序列对应氨基酸的每个位置）。将初始的MSA进行标记化（tokenized），用于进一步处理。得到氨基酸和间隙被称为字符级标记（总共21个）。然后得到一个维度为Dmsa，经过这个序列化操作以后经过一个Embedding层；
在上述的Embedding中又采用了sinusoial positional encoding(正弦位置编码，使用正余弦函数表示绝对位置（不同位置之间存在一定的约束关系），通过两者乘积得到相对位置)，重点关注每个序列的残基（residues）（就是对应上述MSA中输入格式中的L），可以使得网络在学习过程中重点关注。然后对于序列维度，增加了一个查询序列的指示器，因为MSA是主要关注查询序列意外的信息。
多序列比对（多序列联配，Multiple sequence alignment， MSA）
是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质分子的氨基酸序列
或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。
这样做的意义是，对齐的碱基或氨基酸残基在进化上是同源的，
即来自共同祖先（common ancestor）。Templates:
从模板中获取对齐位置的两两距离和方向，以及1D的信息（位置相似度和对齐置信评分）和标量特征（HHsearch概率、序列相似度和序列标识）。这两个特性都是通过沿着2D输入的两个轴平铺而连接到2D输入的。模板首先通过一轮轴向注意(行式注意接着列式注意)，然后使用像素式注意机制合并成单一的2D特征矩阵。处理后的特征矩阵然后与二维平铺查询序列连接，然后映射到隐藏维(dpair)以获得成对特征。同时对2D特征矩阵也增加了正弦位置编码。
5、通过自注意力机制处理MSA：
（1）自注意力机制是注意力机制的变体，其减少了对外部信息的依赖，更擅长捕捉数据或特征的内部相关性。
（2）自注意力机制在文本中的应用，主要是通过计算单词间的互相影响，来解决长距离依赖问题。经过上述的Embedding之后，得到的MSA特征的形状：[N×L×d]，其中N表示序列的数量，L表示序列的长度，d表示嵌入的维度。
然后对该2D特征进行轴向注意方法处理（就是分别对行和列交替注意）
单独使用Row Attention（或者Col Attention），即使是堆叠好几次，也是无法融合全局信息的。
一般来说，Row Attention 和 Col Attention要组合起来使用才能更好的融合全局信息。然后采用Performer架构作为列注意（就是序列的维度 ），从而减少内存（O(LN^2)-->O(LN)）。
Preformer的时间、空间复杂度。实验表明，注意力加速和内存减少几乎是最优的。然后文中对比了MSA编码器与协同进化提取器（Architecture 1）与具有手工制作特征(Architecture 2)（序列轮廓和逆协方差矩阵）进行了比较，如下表所示：Architecture 1优于Architecture 2
对行注意力（对于残基的维度，L维度），文中对比了两种方法：（1）un-tied attention（2）softly tied-attention（MSA transformer）。
其中softly tied-attention提出的主要原因在于，针对同源序列应该具有相似的结构。然后引入了学习的位置权重因子组合MSA序列中的注意信号从而修改这种tied-attention，以减少未对齐区域的贡献。
tied-attention的公式如下所示：
对应的算法流程：
其中N表示MSA中的序列数量，Qn和Kn是第N个输入序列的查询和键矩阵，Wn是对应序列的位置权重因子。
采用tied-attention不仅提高了预测的性能，而且在残基注意图谱中显示了与真实接触图谱的相关性
6、使用来自MSA特征的协同进化信息更新配对特征：
为了从给定的MSA特征中提取成对残基对相互作用信息，文中采用了CopulaNet方法中的外积和聚合的思想。
其中外积：可以提取每个序列中两个残基之间的相关性；而聚合：则是使用平均池化聚合从所有同源蛋白质获得的外积，最后产生两个残基之间共进化的度量。
文中并没有详细说明，查看了一下CopulaNet的原文：
以一个one-hot编码方式为例：
每个序列的位置对就会生成一个21×21的替换表（原始的氨基酸个数是20，这里增加了一个间隙，因此是21），然后从所有序列中取替换表的平均值时，得到的21×21特征会显示不同的分布，这就取决于它们是否在三维空间中相互作用。
如果在21×21的特征分布比较广泛，即使在三维空间中也无法表明两个残基有空间接触；如下图：
如果聚合的特征存在比较突出的分布（表示相关突变），在三维空间中就存在更高的交互机会；如下图（随便找的图）
上述的one-hot编码只是一个例子说明，文中并没有采用one-hot，而是采用MSA embedding的方式；
采用outer product会增加内存的负载，因此文中将MSA embedding映射到一个32的隐藏维度。（降维？）然后从MSA中的每个序列中提取任意两个残基的embedding，再使用位置序列权重计算所有序列的外积加权平均值。
然后将这些聚合的共同进化的特征与1D特征（MSA特征的加权平均）和来自先前MSA更新的残基注意图谱相结合。然后将结合后的特征映射到成对特征的隐藏尺寸（这个是之前的32？）。
为了更好的结合新提取的成对特征和之前的成对特征，文中测试了两种方法：（1）直接在前馈网络后面添加两个成对特征；（Architecture 5）（2）拼接两对特征，然后再经过一个2D卷积网络的残差块。(Architecture 6)，方法（2）的方法效果明显更好
7、通过行和列方向的自注意力细化成对特征：
对于上一步中来自MSA的共同进化信号的更新的pair features，采用轴向注意力（如下图，首先是row，然后是column）替代卷积，实验验证轴向注意力明显优于卷积（如下图）
然后考虑到内存的使用，于是采用Performer架构（scale-up），很大程度上减少了内存的使用，实验验证如下所示：
8、基于pair features中编码的结构信息更新MSA特征：
因为在AlphaFold2中最显著的特征就是通过pair features更新MSA特征，本文中提出了两种方法
通过pair features更新MSA特征：
（1）将pair features到MSA的更新看作一种encoder-decoder的过程，在MSA和pair features之间采用cross-attention。
（2）将pair feaures中的attention应用于MSA特征（成为direct-attention）。(3D空间中靠近的位置来更新MSA特征)。
文中也进行对应的验证：direct-attention优于cross-attention
9、初始3D结构预测：
采用Graph Transformer的架构作为初始的主干网络，输入为一个完全连接的图，而其中的节点表示蛋白质中的残基。
节点和边缘embeddings分别从平均 MSA 特征与one-hot编码查询序列和pair features以及序列分离相结合中学习。主干网络采用使用四个Graph Transformer的堆叠进行评估，然后通过简单的线性变换来预测每个残基节点的N，Ca，C原子的笛卡尔坐标。
10、通过SE(3)-Transformer更新结构：
SE(3)-Transformer 用于最新的 MSA 和 3-Track模型中的pair features来细化给定的 3D （N、Ca、C）坐标。蛋白质图由Ca原子的节点定义，每个节点连接到k个近邻。N原子和C原子的位置通过将位移向量包含到对应对应的Ca原子作为一阶节点特征来编码（向量节点特征）。
来自更新的MSA和one-hot编码的Query sequence的节点特征嵌入（Node embedding）作为标量节点特征。
还有pair features也包含在SE(3)-Transformer的输入特征中；
SE(3)-Transformer预测了Ca原子的位移以及N和C原子到更新的Ca位置的新位移矢量。同时提供了标量节点特征（此处称为状态特征，用于下一节中描述的基于结构的MSA的更新）。
11、基于3D结构更新MSA特征：
和基于2D-track模型中pair features的MSA更新类似，MSA特征基于从当前3D结构导出的注意图谱进行更新。
根据上面的状态特征计算出四个注意图谱，并根据具有四个不同截止点（8，12，16和21Å ）和Ca距离对它们进行Mask（即总流程图中的Masked Attention），以便它只关注3D空间中的邻居。
相同的注意图谱同样用于MSA中的所有序列，逐点前馈层（pointwise feed-forward）进一步处理来自Masked多头注意力的输出。过程如下图所示：
12、2D-track和3D-track特征处理块的定义：
总的流程图中的黄色框中四个箭头表示2D-track的流程；
首先通过自注意力更新MSA特征，从MSA中提取共同进化特征，并将其和之前的pair features相结合；然后通过轴向注意力进一步优化pair features特征，并基于当前pair features中编码的结构信息更新MSA特征；
总的流程图中的蓝色框中箭头过程表示3D-track的流程：
3D-track中流通顺序很重要，文中验证了两种不同的方式来交流1D、2D和3D-track。在同步MSA和pair features之前和之后更新结构。如下图B所示：
基于同步MSA和pair feature的3D坐标更新的性能表现最优，如下表所示：
13、残基对距离和方向预测：
通过一个单独的残差块（由两个3×3大小的2D卷积），然后跟一个1D卷积（1×1）和softmax激活预测inter-residue几何表示。因为Cᵦ-Cᵦ 距离的图谱和沿假设序列的二面角Cᵦ-Cᵦ 键是对称的，我们通过使用转置和未转置特征映射的平均值作为这些预测的输入，在网络中强制对称。
14、通过网络进行迭代优化的附加结构模块：
虽然结构在3D-track中明确采样，但引入了一个额外的结构模块，以基于组合的1D特征和2D残差几何预测构建模型，用于多重cropps的推断。
主干网络中N、Ca、C原子的初始坐标是使用简单的基于图形的架构（见上文的初始3D结构预测部分）生成的，节点和边缘特征来自平均MSA特征以及2D距离和方向分布。
然后用于生成初始坐标的相同节点和边缘特征，使用多个SE(3)-Transformer层进一步细化这些坐标。在SE(3)-Transformer层的末端，根据来自最终SE(3)-Transformer层的状态特征来评估残差的Ca-1DDT。
在训练过程中，文中没有使用任何迭代，通过网络的单次传递优化了参数。在推理时将最终SE(3)-Transformer层的输出坐标作为输入输入到第一个SE(3)-Transformer层，使用该结构模块作为迭代细化工具，如下图所示：预测出的Ca-1DDT作为评分函数，以决定何时停止迭代并从所有结构中选择最终模型。
15、2-track端到端模型与3-track模型的比较：
通过实验验证2-track端到端模型不如3-track端到端模型如下表和下图所示：
ps:上述只是针对Rosettafold的整个流程进行了探索，具体的实验部分，可以查阅原文！
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