【Bioinfo Blog 000】【Debug Record】

最新推荐文章于 2023-05-23 13:20:46 发布
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分类专栏： 10's Bioinfo Blog Debug Record 文章标签： 生物信息学
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43893431/article/details/109703607
版权

【R】

  1. 20200312
    outlierKD(final_ns$CS.lymph.nodes…2004…,lymph)

报错：$ operator is invalid for atomic vectors
解决：赋值给对象后在放入函数
lymph <- final_ns$CS.lymph.nodes…2004…
outlierKD(final_ns,lymph)

  1. 20200504
    最无语最神经病的报错！！
    kk <- paste(“Surv(final_dat$Survival.months, final_dat$status)”,insertVar,sep="~");
    fit_insertVar <- survfit(as.formula(kk),data = final_dat)

报错：找不到对象kk
解决：两个<<表示将kk设在全局
kk <<- paste(“Surv(final_dat S u r v i v a

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【SEER数据库简介】
weixin_46587777的博客
05-09 1万+
一、 SEER数据库简介 全称：Surveillance, Epidemiology, and End Results Program 网址：https://seer.cancer.gov/SEER 数据库所涉及的肿瘤被划分为9类：乳腺肿瘤、结肠与直肠肿瘤、其他消化系统肿瘤、女性生殖系统肿瘤、淋巴系统肿瘤与血液系统肿瘤、男性生殖肿瘤、呼吸系统肿瘤、泌尿系统肿瘤及其他尚未确定的类型。数据记录中包括患者的注册编号、个人信息、原发病灶部位、肿瘤尺寸、肿瘤编码、治疗方案、死亡原因等信息。 一、大写机构简写 ICD
install.packages(“hgu133a.db“)报错——解决办法
Dzfly
08-04 4502
问题描述 install.packages("hgu133a.db") WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding: https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/ Warning in i
$ operator is invalid for atomic vectors什么意思
weixin_35755823的博客
01-05 9766
"$ operator is invalid for atomic vectors" 意思是在对原子向量使用 "$" 操作符时是无效的。 "$" 操作符是 R 语言中用于访问数据框 (data frame) 中的列的常用操作符。但是，原子向量 (atomic vector) 是 R 中的一种基本数据类型，它是一个长度固定的向量，并且所有元素都是相同的数据类型。因此，在对原子向量使用 "$" 操作符...
CT_lymph_node 淋巴结数据集介绍
XX|XX的博客
09-09 2021
数据集来源 该淋巴结公开数据集由TCIA提供，由纵隔和腹部的计算机断层扫描（CT）图像组成，由美国国立卫生研究院NIH临床中心的放射线医师标记了淋巴结位置。 影像生物标志物和计算机辅助诊断实验室的放射科医生在90例患者的CT图像中标记了总共388个纵隔淋巴结，在86例患者中标记了595个腹部淋巴结。 该集合针对医学图像计算，以开发和评估计算机辅助检测方法。 淋巴结的自动检测可能是重要的临床诊断工具，但是由于CT中周围结构的对比度低以及它们的大小，姿势，形状和稀疏分布的位置，因此非常具有挑战性。 该数据集可用
加载org.Hs.eg.db为什么出现error: $ operator is invalid for atomic vectors报错和解决方法
xuzhougeng blog
04-19 6659
在Bioconductor上已经有人提了问题，并且有了回答（地址：https://support.bioconductor.org/p/9136329/） 简单的说，就是Rstduio出来背锅，估计以后版本的Rstudio会修复这个bug。 下面是解决方法 方法1 手动设置环境变量 options(connectionObserver = NULL) 方法2: 装个旧版本RSQLite，2.2.5之前即可 install.packages("remotes") remotes::install_versi
ucsd_bioinfo2_week1
03-31
【标题】"ucsd_bioinfo2_week1" 暗示了这是一个与生物信息学相关的课程，具体到第二周的内容。在UCSD（加州大学圣地亚哥分校）的生物信息学课程中，第一周通常会引入基础知识，而第二周可能涉及更深入的主题，如数据...
bioinfo train data
09-23
标题中的“bioinfo train data”可能指的是一个与生物信息学相关的训练数据集，可能是用于机器学习或深度学习模型的构建，以解决生物学问题。在这个场景下，“train”通常意味着这是模型训练所用的数据。 标签...
coursera-ucsd-bioinfo-3
02-24
Stepik练习-Coursera生物信息学III-UC Sandiego 运行所有测试 pytest --cov=....在本课程中，我们将学习用于对齐不同序列的算法 第一周 路线问题转化为“曼哈顿旅游”问题，即在矩形网格图中找到一条路径，该路径可以...
Bioinfo_IntersectionPartition
04-10
Bioinfo_IntersectionPartition用法编译制作跑步chi -b“ bam文件路径” -v“ vcf文件路径” -o“输出文件路径”输出信息最佳分区ID：分区问题的最佳解决方案
bioinfo_project
04-10
2020/21年生物信息学项目：UNet与HQA进行生物医学图像分割去做： 数据集类前处理静态（在训练之前扩充数据集） 动态（在训练过程中增加数据集） 静态+动态（??） 优尼特模型（〜完成） 训练记录中结果可视化HQA...
Error in x$e : $ operator is invalid for atomic vectors
data+scenario+science+insight
04-03 2494
Error in x$e : $ operator is invalid for atomic vectors 目录 Error in x$e : $ operator is invalid for atomic vectors 问题： 解决： 完整错误： 问题： #define vector x <- c(1, 3, 7, 6, 2) #provide names names(x) <- c('a', 'b', 'c', 'd', 'e') #attemp.
CIBERSORT出现“$ operator is invalid for atomic vectors” 报错
热门推荐
XH生信和机器学习空间
05-23 2万+
最近用cybersort 分析细胞出现“$ operator is invalid for atomic vectors"错误，快放弃时，看到一个。说是缺少e1071包，安装以后，报错解决。安装e1071包后运行正常。
【问题记录1：R-ClusterProfiler相关包安装失败】
^_^
01-07 1万+
在我以为ClusterProfiler已经安装好的时候，又遇到了一些问题。 后遂记录一下这些问题和解决方法。 报错1： BiocManager::install(“org.Hs.eg.db”) Warning messages: 1: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) : 拷贝C:\Users\xyf\Documents\R\win-library\4.0\00LOCK\graphlayouts\libs\x64\graphlayouts.d
R 学习矩阵操作
悟道西方
05-01 2489
欢迎关注天下微博：http://blog.genesino.com/2017/06/R-basic/ Jump to… R基础概念和困惑点 R的交互式运行 R基本语法 获取帮助文档，查看命令或函数的使用方法、事例或适用范围 R中的变量 R中矩阵运算 R中矩阵筛选合并 str的应用 R的包管理 生信宝典，一起换个角度学生信 R基础概念和困惑点 插播一点R的基础概念和疑难解释...
R: 错误: $ operator is invalid for atomic vectors
跳动的喵尾巴
10-29 1万+
利用metaboanalyst包运行代码时提示： 错误: $ operator is invalid for atomic vectors 后经检查输入csv文件发现，是因为首行sample name具有重复值导致，如下图： 将其按照下图重新命名后，再次运行代码，问题解决。 ...
载入R包时报错：“无法定位程序输入点 EXTPTR PROT 于动态链接库D:\R\win-library\4\vctrs\libs\x64\vctrs.dll 上”
qq_44127863的博客
02-20 1846
载入R包时报错：“无法定位程序输入点 EXTPTR PROT 于动态链接库D:\R\win-library\4\vctrs\libs\x64\vctrs.dll 上”
$ operator is invalid for atomic vectors
Mrrunsen的博客
06-07 1万+
您在 R 中可能遇到的一个常见错误是： 当您尝试使用$运算符访问原子向量的元素时，会发生此错误。“原子向量”是使用 R 中的c()或vector()函数创建的任何一维数据对象。不幸的是，$不能用于访问原子向量中的元素。相反，您必须使用双括号[[]]或getElement()函数。本教程分享了如何在实践中处理此错误的示例。如何重现错误消息 假设我们尝试使用$ 运算符访问 R 中以下向量中的元素： 我们收到一个错误，因为使用$运算符访问原子向量中的元素是无效的。方法#1：使用双括号访问元素 在向量中按名称访问元
R语言-解决for modifying Try removing ‘00LOCK’的问题
lietobrain's blog
06-03 5131
错误场景 在进行TCGA-GBM数据下载时候，发生了锁竞争？ 错误如下： Error in unpackPkgZip(foundpkgs[okp, 2L], foundpkgs[okp, 1L], lib, libs_only, : ERROR: failed to lock directory ‘D:\Programme\R\R-3.6.1\library’ for modifying Try removing ‘D:\Programme\R\R-3.6.1\library/00LOCK’ unlink
R: Error in P1$PC1 : $ operator is invalid for atomic vectors
跳动的喵尾巴
04-19 1万+
原始代码： 注： P1与P3为两个数据集。 P1[order(P1$PC1,decreasing=T),] 运行上述代码，报错： Error in P1$PC1 : $ operator is invalid for atomic vectors 原因： 从关于 “$” 的帮助文件中，可以知道： $仅对递归对象有效，并且仅在下面有关递归对象的部分中讨论。 $ is only valid for recursive objects, and is only discussed in the sec
14125@CoffeeRefill MINGW64 ~ $ git clone http://guanxiongcs.synology.me:9080/bioinfo_basic/CodeLib git clone http://guanxiongcs.synology.me:9080/bioinfo_basic/DataCenter fatal: destination path 'CodeLib' already exists and is not an empty directory. Cloning into 'DataCenter'... fatal: unable to access 'http://guanxiongcs.synology.me:9080/bioinfo_basic/DataC enter/': Failed to connect to guanxiongcs.synology.me port 9080 after 21031 ms: Couldn't connect to server
最新发布
07-13
根据您提供的信息，看起来您已经在当前目录中有一个名为 'CodeLib' 的文件夹，并且 Git 克隆命令无法创建一个名为 'DataCenter' 的文件夹，因为连接到 'http://guanxiongcs.synology.me:9080' 的服务器失败。...

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