使用GALAXY进行RNA-seq数据分析（1）数据预处理

数据获取：

提本案例数据来自GSE80565,本实验选取两组数据,SRR3418005,SRR3418006,SRR3418019,SRR3418020.

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数据预处理

1. 提取fastq文件:点击get data，得到原始数据
2. 下载完成后点击showdata查看详细信息，可以看文件大小（压缩），运行时间。

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质量评估

1. 使用FastQC检测原始测序的数据质量，点击FastQC Read Quality reports，下面以SRR3418005为例。
2. 点击Raw read data from your current history （前提使用该平台下载的数据）。
3. 运行完成后右侧由黄变绿，查看FastQC的Webpage数据，可以看整体的报告。
4. 关键的Per base sequence quality评估为正常但Per base sequence content不正常，细看发现前12个核苷酸比例失常
5. 针对性对问题进行质量控制。

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质量控制：

1. 针对Per base sequence quality（每个碱基的质量）对低质量的reads进行修剪。
2. 
3. 修改后大部分评估通过，Sequence Duplication Levels未通过表明某些序列重复较多，结合后面看是adapter引起，不会影响下游分析。