新年第一课:从零开始入门Galaxy生信云平台

本文介绍了Galaxy在线生物信息云平台,提供1300+工具支持全链条数据分析,包括上传文件、使用工具、查看历史和创建工作流程。重点讲解了如何开始使用、关键操作和工作流程的创建与分享。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Galaxy是一个在线的生物信息云平台,目前已经上线了1300+生信实用工具,整合的一键式分析流程也在陆续上线中。这些工具/流程涵盖生物信息数据分析的方方面面,包括但不限于:

  • 基因组数据分析

  • 转录组数据分析(Bulk RNA-seq, Single Cell RNA-seq)

  • 蛋白质组数据分析

  • 癌症基因组测序研究

  • 统计学 / 机器学习

  • 生信绘图

Galaxy能够进行生物信息学上下游全链条的数据分析,它可以服务于:

  • 学生,学习生物信息学;

  • 教师,讲授生物信息学;

  • 科研人员,快速进行数据分析,无需繁琐的工具安装和流程搭建,把精力放到生物学意义的挖掘上。

如何开始使用Galaxy?本文将介绍Galaxy中的关键任务:上传文件、使用工具、查看历史记录以及运行工作流程。

Galaxy的外观

  1. 打开任意浏览器(推荐Chrome)

  2. 输入网址:usegalaxy.cn

  3. 注册 & 登录

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Galaxy主页分为四个面板,从左到右为:

  • 活动栏

  • 工具面板

  • 视图面板

  • 历史面板

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首次使用Galaxy时,历史面板中不会有文件。

关键操作

命名历史面板

  1. 来到右侧的历史面板

  2. 点击outside_default.png(Edit)

  3. 输入一个新的名称,如:Learn To Use Galaxy

  4. 点击outside_default.png保存

  • 如果无法重命名,可能你没有登录,请登录后重试。

上传文件

工具位于左侧的面板中。

  1. 工具面板的上方,点击outside_default.pngUpload Data

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这将打开一个界面。

  1. 点击 粘贴数据或链接

  2. 粘贴一个文件地址:

    https://zen

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