生信豆芽菜-预后模型比较c-index计算

最新推荐文章于 2024-04-24 11:17:03 发布
最新推荐文章于 2024-04-24 11:17:03 发布
阅读量74 收藏
点赞数
文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析 算法 机器学习
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/132710344
版权

网址：http://www.sxdyc.com/cindexCalculation
1、数据准备
第一个文件：表达谱数据，行为基因，列为样本
在这里插入图片描述

第二个文件：生存数据
在这里插入图片描述

第三个文件：module中的特征基因（这里要注意，包含两列数据，第一列为特征基因，第二列为特征基因集来自于模型，这里可以用自己的模型与其他人构建的模型进行比较）
在这里插入图片描述

2、输入图片的高度和宽度，提交等待运行结果即可
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据
在这里插入图片描述

木之如水
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
生信质控分析-FastQC
01-13
生物信息分析基础软件，高通量测序，主要用于做质控分析
生信豆芽菜-信号转导通路相关评分的计算
weixin_43949246的博客
08-23 115
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、提交后，等待运行成功即可下载。表达谱数据，行为基因，列为样本。
生信豆芽菜-101种算法组合构建预后模型
weixin_43949246的博客
09-06 56
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据。2、选择两组颜色，提交等待运行结果即可。
生信豆芽菜-预后之lasso分析
weixin_43949246的博客
09-06 154
在最小二乘基础上增加了一个惩罚项来对估计参数进行压缩，当参数缩小到小于一个阈值的时候，就令它变为0，从而选择出对因变量影响较大的自变量并计算出相应的回归系数，最终能得到一个比较精简的模型。第一列为样本名，第二列为生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第一个文件：行为基因，列为样本的表达谱矩阵，其实第一列不能重名；2、直接提交等待运行即可，默认是使用10倍交叉。第三个文件：进行lasso分析的基因。
生信豆芽菜-单基因预后
weixin_43949246的博客
08-14 42
该工具主要用于查看单基因在泛癌的预后情况，这里默认用火山图展示。提交后等待运行成功即可，还可以关注公众号：豆芽数据分析。
华中科技大学生信专业课件--基因芯片
07-09
华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
R语言中生物基因的富集分析 给生物信息学的爱好者
希望组-生信招聘1
08-08
2.流程算法更新：负责微生物多组学分析流程调试、更新及新分析方法的研究 3.项目对接：对接国内微生物领域内的重要客户与重要项目，合作发表文章 4.队伍建设：培养
生信技能树编程实战题-题目整理版1
08-04
编程实战题目录01:生信编程很简单02:人类基因组的外显子区域的长度03: hg19基因组序列的一些探究04: hg38每条染色体的基因、转录本分布05: 多个
R version 4.1.0 安装ggplot2，options(pkgType=“binary“) install.packages(“ggplot2“)
chenhepg的博客
04-20 415
ggplot2
一个联合均值与方差模型的R包——dglm
最新发布
统计学小王子的博客
04-24 561
使其适用于处理具有复杂异方差性（方差随均值变化）的数据。dglm 包提供了一个强大的框架，能够扩展传统的广义线性模型（GLM）以包含额外的分布族（这里，predict() 函数使用拟合后的模型和新数据进行预测，type = “response” 表示预测的是响应变量的值。下面的代码生成了响应变量 y，其均值由 x 控制，方差由另一个预测变量 z 控制。这个例子将使用模拟数据，包括响应变量和两个预测变量，来模拟和解释使用过程。下面，我将提供一个实例，演示如何在正态分布假设下使用 dglm 包拟和。
R语言 数据的整理与清洗（第二篇）
yangyulu1998的博客
04-23 646
1、重新编码分类变量 categorical variable。也可以使用R的字符串搜索和替换函数来重新映射字符向量中的值。测量值<7的标记为“低”，将>=7的标记为“高”假设要添加一个新列，其中包含三个度量值的总和。的值，它也会匹配，而替换将是。如果没有它们，如果有一个名为。第二种方法：用R内置函数来做。是为了确保整个字符串匹配。或从现有数据列计算新数据列。最简单的方法是使用来自于。最简单的方法是使用来自。，并把它放在一个新列中。也可以用R的内置函数来。
R语言数据分析案例
youyouxiong的博客
04-16 1217
在R语言中进行数据分析通常涉及数据的导入、清洗、探索、建模和可视化等步骤。
R语言中的execl数据转plink
weixin_51885039的博客
04-20 312
我们在这个表中添加一个 bmi 数据方式，写好数据格式就可以了。点击这个黄色的按钮就可以弹出外部链接的方式。我们可以从数据表格中选出需要的数据方式。r语言数据方式必须创建的这个方式。bmi 我们也可以写成公式的方式。我们创建一个三行三列的数据方式。在后面可以加入 n 到参数。创建一个数据框的方式。
程序猿成长之路之数据挖掘篇——朴素贝叶斯
zygswo的博客
04-23 1034
什么是朴素贝叶斯官话：朴素贝叶斯(naive Bayes)算法是基于贝叶斯定理与特征条件独立假设的分类方法。对于给定的训练数据集，首先基于特征条件独立假设学习输入输出的联合概率分布。然后基于此模型，对给定的输入x，利用贝叶斯定理求出后验概率最大的输出y。不同于其他分类器，朴素贝叶斯是一种基于概率理论的分类算法；用个人的话来说：朴素贝叶斯就是基于概率大小进行分类判断的一种方式。就如同上面的西瓜分类，好瓜概率大就认定为是好瓜，否则就认定为坏瓜。先验概率、似然概率和后验概率。
每天一个数据分析题（二百八十五）——四分位差
shiguangre的博客
04-23 542
B. 四分位差是一个局部指标，衡量了处于50%数据的离散程度。四分位差是一组数据的上四分位数与下四分位数之差，下面选项错误的是。C. 四分位差越大，说明处于中间50%数据越分散。D. 顺序数据适合用四分位差来度量离散程度。A. 四分位差受极端值的影响。
数据分析专家能力模型
chensq_yinhai的博客
04-23 642
二是如何更有趣的沟通。懂分析也分为三个层级，最高的等级是懂的如何进行系统性全面性的思考，麦肯锡有一个很有名的MECE原则，便是提倡建立一个“相互独立，完全穷尽”的思考框架，能够用逻辑树，对核心问题进行解构，排序优先顺序，并针对核心议题进行分析和建议。如果一个数据分析师的技术能力达到了第三层境界，那么对他来说，不仅仅可以成为一名数据分析专家，未来多了很多职业发展的可能，可以往数据架构，数据治理，数据产品，数字化负责人等岗位走，当然也可以考虑很多企业行业，甚至咨询公司，金融企业相关的数据管理岗位。
Leetcode 41. 缺失的第一个正数和Leetcode 155. 最小栈
2301_79614379的博客
04-20 1070
定义一个结构体，数组 data 用于存放推进的数据，数组 min 用于存放最小值，变量 top 存放最后进入的数在 data 的下标，变量 mintop 记录最小值在 min 中的下标。循环遍历数组 nums ，如果该位置的值大于 0 并且不小于数组长度，让哈希表 table 在该值的位置自加。获取堆栈中的最小元素时，根据 mintop 的值返回数组 miin 中的元素。返回栈顶元素时，根据 top 的值返回数组 data 中的元素。--> 返回 -3.输入：nums = [3,4,-1,1]
RNA-seq生信分析R语言代码
09-27
RNA-seq的生信分析可以使用R语言进行。下面是RNA-seq分析的大体步骤和对应的R语言代码： 1. 数据质控： - 质量评估和过滤：使用软件如FastQC和Trimmomatic对测序数据进行质量评估和过滤。 ```R library("Short...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值