生信分析Rstudio中Giotto包的安装与python路径配置的笔记

Giotto是一个面向空间转录组数据的R包，最大的优势是与空间信息紧密结合，但由于是基于Python构建的R包，给像我这样的初学者带来很大的麻烦。

首先第一步不是装包，而是检查和配置Rstudio中的python安装路径。

一，配置路径

先打开cmd，输入

where python

会告知电脑中的python位置。

然后在Rstudio中配置python路径，因为R好像有一个低版本自带的r-miniconda，可能默认路径不是上述的python位置。

在Rstudio中安装一个适配python的包reticulate，再配置路径

library(reticulate)
Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "D:/software/anaconda/python.exe")#输入自己的python路径
use_python("D:/software/anaconda/python.exe")

重启Rstudio，判断是否配置成功

library(reticulate)
py_config()
python:         D:/software/anaconda/python.exe
libpython:      D:/software/anaconda/python310.dll
pythonhome:     D:/software/anaconda
version:        3.10.9 | packaged by Anaconda, Inc. | (main, Mar  1 2023, 18:18:15) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          D:/software/anaconda/Lib/site-packages/numpy
numpy_version:  1.23.5

NOTE: Python version was forced by use_python function

说明成功了。

二，python包安装

接着安装python所需要的包，用pip安装即可，Giotto中说需要安装:

Required python modules:
- pandas
- python-igraph (igraph)
- networkx
- leidenalg
- python-louvain (community)
- smfishHmrf
- python.app (!!OSX only!!)
- scikit-learn

直接安装就ok，需要注意是安装在了对应python环境下

pip install pandas python-igraph networkx leidenalg python-louvain smfishHmrf scikit-learn

三，Giotto安装

Giotto的安装很简单，按照官网的来就行

library(devtools)  # if not installed: install.packages('devtools')
library(remotes)  # if not installed: install.packages('remotes')
remotes::install_github("RubD/Giotto") 

# compilation problems (gfortran)?
# this version does not require C compilation
remotes::install_github("RubD/Giotto@cless") 

对了，好像还遇到一个问题，就是要求对应的语言必须要是英文，需要在R中修改一下

Sys.setenv(LANG = "en_US.UTF-8")  # 将语言环境设置为英文（美国）