Giotto是一个面向空间转录组数据的R包,最大的优势是与空间信息紧密结合,但由于是基于Python构建的R包,给像我这样的初学者带来很大的麻烦。
首先第一步不是装包,而是检查和配置Rstudio中的python安装路径。
一,配置路径
先打开cmd,输入
where python
会告知电脑中的python位置。
然后在Rstudio中配置python路径,因为R好像有一个低版本自带的r-miniconda,可能默认路径不是上述的python位置。
在Rstudio中安装一个适配python的包reticulate,再配置路径
library(reticulate)
Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "D:/software/anaconda/python.exe")#输入自己的python路径
use_python("D:/software/anaconda/python.exe")
重启Rstudio,判断是否配置成功
library(reticulate)
py_config()
python: D:/software/anaconda/python.exe
libpython: D:/software/anaconda/python310.dll
pythonhome: D:/software/anaconda
version: 3.10.9 | packaged by Anaconda, Inc. | (main, Mar 1 2023, 18:18:15) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Architecture: 64bit
numpy: D:/software/anaconda/Lib/site-packages/numpy
numpy_version: 1.23.5
NOTE: Python version was forced by use_python function
说明成功了。
二,python包安装
接着安装python所需要的包,用pip安装即可,Giotto中说需要安装:
Required python modules:
- pandas
- python-igraph (igraph)
- networkx
- leidenalg
- python-louvain (community)
- smfishHmrf
- python.app (!!OSX only!!)
- scikit-learn
直接安装就ok,需要注意是安装在了对应python环境下
pip install pandas python-igraph networkx leidenalg python-louvain smfishHmrf scikit-learn
三,Giotto安装
Giotto的安装很简单,按照官网的来就行
library(devtools) # if not installed: install.packages('devtools')
library(remotes) # if not installed: install.packages('remotes')
remotes::install_github("RubD/Giotto")
# compilation problems (gfortran)?
# this version does not require C compilation
remotes::install_github("RubD/Giotto@cless")
对了,好像还遇到一个问题,就是要求对应的语言必须要是英文,需要在R中修改一下
Sys.setenv(LANG = "en_US.UTF-8") # 将语言环境设置为英文(美国)