基因表达分析-01基础概念

基因表达分析-01基础概念

一. 检测方法

• Q-PCR
• 基因芯片（Microarray）‌高通量
• 表达序列标签(EST)
• 基因表达系列载体(SAGE)
• 转录组测序（RNA-seq）‌高通量

二. 基因表达数据分析

分析内容

• 哪些基因表达存在差异
• 差异基因有什么共同功能，参与何种共同代谢
• 不同条件下，哪些基因变化一致
• 受到哪些基因调节（上游）
• 控制哪些基因表达（下游）
• 哪些表达是状态特异的

分析方法

• 按时间序列分析
• 基因表达差异的显著性分析

基因矩阵

	组织1	组织···
条件1	表达水平a	表达水平b
条件2	表达水平c	表达水平d

三. 基因表达差异的显著性分析

1. 找出表达差异基因（DE）

可以通过以下方法：

• 倍数分析法（无统计学假设）：通过比值，与阈值比较。
• 经典统计模型：如T检验、SAM法：计算差异的置信度（P值），选取一定（如0.01）以下作为差异基因。
• 机器学习进行特征（基因）选择：通过贝叶斯模型、支持向量机、随机森林等得到DE，然后通过基因本体论（GO分析）和通路分析【通常为下游分析】。

2019/1/12