基于对接化合物库虚拟筛选(Virtual Screening)
从ZINC
数据库中获得BAAA.smi
库,把这些化合物用LigPrep
模块配体准备完成后,即可进行虚拟筛选;在Tasks中搜索Virtual Screening Workflow
,在Input中导入准备完成的配体文件,在Preparation
中勾掉默认的Prepare ligands
,在Receptors
中打开之前生成的格点文件(仍以PDB 1IEP为例)
准备分子
分子初步筛选
分子优化准备
分子格点准备
Docking对接虚拟筛选设置
打开Docking,点击Dock with Glide HTVS Options设置高通量筛选中保存的分子数,点击Dock with Glide SP Options设置对接后保存的分子数;点击Run。
虚拟筛选结果分析
docking score和glide energy的绝对值越大,说明化合物分子与晶体蛋白结合越好,蛋白与配体间的相互作用越强。