R-loop及两种测序技术的介绍

简介：
R环是一种特殊的染色体结构，由一条RNA：DNA杂合链和一条单链DNA所组成。
R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，并与许多重大疾病的发生和发展密切相关，是近年来分子生物学的一个新研究热点。

**DRIP-seq：**DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing
DNA:RNA杂合链抗体的免疫共沉淀及高通量测序分析技术

DRIP-seq的缺点：包括检测信号的分辨率有限和S9.6抗体的特异性不足。

R-ChIP：
通过在细胞中表达RNASEH1突变体（RNASEH1为特异性切割R-loop的内切酶，经突变改造后失去催化功能，但其R-loop结合活性被保留），可特异性识别体内形成的R-loop，通过富集和文库的建立与测序，即可绘制细胞内R-loop的全基因组图谱。

该方法具有三个特点:
1)内源性，直接在细胞体内捕获R-loop；2）高分辨率,检测精度在200个碱基左右；3）高特异性,研究者可以使用RNASEH1催化/结合位点双突变体的R-ChIP数据做为阴性对照，进一步提高R-loop识别信号的特异性。