数据原理——2、ChIA-PET

---

一、背景介绍

利用成对末端标记序列（ChIA-PET）进行染色质相互作用分析是一种将功能染色质结构转化为数百万个短标记序列的方法

配对末端标签测序ChIA-PET技术应用了PET测序技术的基本原理。PET测序技术的独特之处在于构建配对末端测序模板。从目的DNA片段两个末端提取短标签并将它们配对构成一个PET，对PET进行高通量测序，利用标签序列定位目的DNA片段在基因组中的位置。为了获得短标签，将目的DNA片段两个末端分别与设计好的半连接子(linker)相连。半连接子为具有MmeI限制性内切酶识别位点的寡聚核苷酸序列，而MmeI限制性内切酶能够水解其识别位点下游18/20个碱基对。连接子连接后将DNA片段两个末端配对，随后加入MmeI限制性内切酶，便可得到“标签-连接子-标签(tag-linker-tag)”结构。

二、测序原理

1， 用甲醛铰链DNA和蛋白，目的是让可能存在相互影响的DNA片段连接；
2， 用超声等方法将DNA片段化；
3， 用特异性蛋白抗体富集DNA和蛋白复合物；
4， 在DNA片段末端加上包含MmeI位点的生物素化寡核苷酸linker；
5， 连接linker，从而形成连接目的DNA片段的桥梁；
6， 用限制性内切酶消化得到DNA片段，去除蛋白质；
7， 固定化PET序列；
8，上机测序。

三、测序

1、先乙二醇、再用甲醛进行双交联，固定DNA-蛋白质复合物。细胞溶解去除胞质蛋白

2、使用超声波破碎，染色质通常应该打断为200bp到600bp的DNA片段，其平均长度为500bp。

short-read ChIA-PET： read长度为36bp，测序的DNA片段长度为20bp左右
long-read ChIA-PET： 平均长度为300bp(Tangetal.,2015)

3、加入目标蛋白抗体，富集含有目标蛋白的DNA-蛋白质复合物。

为了区分来自不同蛋白交联区域的序列，ChIA-PET引入了双末端标签（Paired-End Tags）标记。双末端标签的目的在于，区分连接之后的DNA序列是否来自同一个蛋白结合的序列。