BWA操作过程中的关键

BWA
解压缩命令：

命令格式：tar -zxvf 压缩文件名.tar.gz。解压缩后的文件只能放在当前的目录。

解压全部命令参考：
tar –xvf file.tar 解压 tar包

tar -xzvf file.tar.gz 解压tar.gz

tar -xjvf file.tar.bz2 解压 tar.bz2

tar –xZvf file.tar.Z 解压tar.Z

（https://zhidao.baidu.com/question/1835987778318059820.html）
bwa操作过程：

建立index成功的标志是生成了.amb .ann .bwt .pac .sa

之后开始对比生成.sam

生成sam之后，用samtools将sam文件转成bam文件。
./samtools view -h -o chr14.sam chr14.bam，注意在samtools文件夹下进行。