2021.04.22【RNA-seq流程】丨count值转换为FPKM值优化2.0

最新推荐文章于 2024-08-27 08:56:50 发布
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分类专栏： RNA-seq 生物信息 R语言 文章标签： r语言
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  • 优化内容
    • 解决每次转换需要设置样本数和基因数目
    • 实现基因count值与length精准匹配
  • 摘要
    • 大概半年前，我写过一篇将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值文章，用于对count的入门级均一化处理。随着项目越做越多，逐渐发现了之前写的脚本的局限性。比如，每次换算都需要设置包括样品数，基因数目等参数。另外，以前的转换脚本哪怕使用同一个gff文件，定量得到的基因数目和makeTxDbFromGFF中exonsby、transcriptsby定义的基因数目可能是不一样的，这就导致count列和length列不能一一对应进行计算，而产生差错。count如何精准换算成FPKM就成了非常重要的一个问题。因此，我用了2天时间（R确实不太熟悉）研究了多个解决方法， 最后通过匹配方式将gene_count与gene_length通过gene名称匹配起来，完成转换。
  • 环境配置
    • R version 3.6.1
    • 依赖包GenomicFeatures
  • 研究思路
    • 最开始的方向是尝试统一基因数目，比如将htseq和makeTxDbFromGFF读取相同的gtf或者gff文件。在发现有不少其他类型的注释后&#x
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穆易青
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Count，TPM，FPKM，CPM之间的格式转换——Count转FPKM
weixin_46500027的博客
06-02 8067
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2020.08.14【RNA-Seq流程】丨将HTseq生成的基因COUNT值转换为FPKM值
08-14 9995
通过HTseq生成的基因表达量是以count值计算的，而业内普遍做法是将count值转换为FPKM值提供给客户，因此，需要一个转换表达量的脚本。
count格式的数据转换(count to FPKM,count to TPM) 【GEO数据库】
最新发布
weixin_46587777的博客
08-27 2029
在正式分析之前，对于数据的处理是至关重要的，这种重要性是体现在很多方面，其中有一点是要求分析者采用正确的数据类型。对于，原始数据，比如差异分析、热图、箱线图、PCA分析、生存分析、模型构建，聚类分析和相关性分析等。对于，在上述的常见分析中是需要。首先要去获取基因长度文件，因为后续需要用这个数据去矫正基因长度。网址：https://gdc.cancer.gov/about-data/gdc-data-processing/gdc-reference-files。
R语言---生信分析---count转换成TPM、FPKM
dujidan的博客
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纯Python read_counts 转FPKM v2
qq_26012913的博客
12-29 2945
重新写了一个由reads_counts转FPKM矩阵的脚本，之前的那一般只适用于18个样本的，这里更新了一下，没有样本限制了。 还是分为3步： grep "exon" genome.gtf > genome_exon.gtf python count_genelen_from_gft.py genome_exon.gtf gene.len python Caculate_FPKM.py mapped_gene_number.txt gene.len raw_counts.matrix FPKM.mat
Count，TPM，FPKM，CPM之间的格式转换——Count转CPM
weixin_46500027的博客
06-05 4701
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Count，TPM，FPKM，CPM之间的格式转换——Count转TPM
weixin_46500027的博客
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2020.09.30【RNA-seq流程】丨转录组生信分析全流程
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Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)
weixin_63884580的博客
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RNA-seq通用流程（从原始测序数据到count文件）：环境安装，软件安装，数据质控，数据过滤，序列比对，bam文件，count
RNA-seq流程学习笔记（17）- PCA图聚类分析
垚垚爸的博客
03-25 7851
#绘制PCA图 #需要使用各组的FPKM进行绘制 #对FPKM数据进行整理 #清空环境变量 rm(list=ls()) ##将StringTie分析得到的含有FPKM数据的TAB文件导入当前工作环境中 #设置工作目录 setwd("G:/kongyu/RNA-seq/2021_02_22/gene_tab/") DIPG4_1_1.gene.tab <- read.table("G:/kongyu/RNA-seq/2021_02_22/gene_tab/DIPG4_1_1.gene.tab",
read count 转换为 RPKM/TMP
weixin_44681709的博客
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read_counts转FPKM（基于gtf和read_counts文件）（exon）
qq_26012913的博客
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首先我们要把gtf文件中的exon抓取出来 grep "exon" genome.gtf > genome_exon.gtf 然后提取genome_exon.gtf文件中的gene的exon的长度和得到我们想要的gene的长度 python count_genelen_from_gft.py genome_exon.gtf gene.len 这其中count_genelen_from_gft.py的代码如下： import sys,re file1 = sys.argv[1] file2 = sy
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参考：https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-seqblog.com/rpkm-fpkm-and-tpm-clearly-explained/ It used to be when you di...
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TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗？ 已有 3940 次阅读2017-12-15 15:04|个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq|RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号，已获得授权。查看最新文章，敬请关注嘉因，微信ID：rainbow-genome 作者：小哈 来源：嘉因 在RNA测序分析，哪家公司适合...
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weixin_51192038的博客
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1、先根据gtf文件提取基因的长度 参考链接： https://blog.csdn.net/weixin_56259962/article/details/123140630 2、根据count计算tpm rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) rawcount <- read.csv("C:/Users/Desktop/2cell.id.txt",skip = 1,sep="\t",row.names = 1) rawcount$gene_name
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