本文介绍了GWAS（基因组-wide关联研究）中如何分析基因间的相互作用，重点讲解了plink工具的fast-epistasis和epistasis两种方法，适用于不同的表型类型。fast-epistasis适用于二分类表型，而epistasis则可用于二分类和连续表型，两者均能通过线性或逻辑回归进行分析。在大量SNP位点时，plink还支持并行计算以加速分析过程。
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在遗传学中，当两个基因相互作用然后导致对应性状的出现，说明两个基因间存在相互作用。在之前的文章中，介绍了很多的基因相互作用模型，列表如下
互补作用
积加作用
重复作用
上位作用
抑制作用
其中上位作用研究的作为广泛，作为GWAS研究中使用的最广泛的工具，plink当然也支持上位作用，即Epistasis的分析，有以下两种方式
1. fast-epistasis
这种用法适合case/control 二分类的表型，原理和Allele水平的GWAS分析一样，基本用法如下
plink \
--bfile input \
--fast-epistasis \输出结果示意如下
2. epistasis
这种用法适用范围广，case/control还有连续表型都适用，通过线性回归或者逻辑回归来进行分析，基本用法如下
plink \
--bfile input \
--epistasis \
输出结果示意如下
当SNP位点的数量很多时，两两相互作用分析的计算量是很大的，为了加速运行，plink支持拆分后并行，用法如下
当然，以上只是基本用法，还是有很多的参数可以调整，更多的细节请参考官方文档。
·end·
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