解决数据上传NCBI时的“multiple BioSamples cannot have identical attributes”错误!

解决数据上传NCBI时的“multiple BioSamples cannot have identical attributes”错误!

ERROR:

Your table upload failed because multiple BioSamples cannot have identical attributes. You should have one BioSample for each specimen, and each of your BioSamples must have differentiating information (excluding sample name, title, bioproject accession and description). This check was implemented to encourage submitters to include distinguishing information in their samples. If the distinguishing information is in the sample name, title or description, please recode it into an appropriate attribute, either one of the predefined attributes or a custom attribute you define. If it is necessary to represent true biological replicates as separate BioSamples, you might add an ‘aliquot’ or ‘replicate’ attribute, e.g., ‘replicate = biological replicate 1’, as appropriate. Note that multiple assay types, e.g., RNA-seq and ChIP-seq data may reference the same BioSample if appropriate.

上传16s/RNAseq/chip_seq时遇到这个问题怎么办?

搜了一晚上,发现基本没人说到重点!

  • 关键问题:

    表格中的绿色必填项,一定要保证至少一个因子可以区分各个样本(名字除外)。也就是说,除了样本名之外,剩下的必填项中必须还有一个项目是在每个样本都不同的。

  • 解决办法:

    如果大家和我一样,除了样本名其他不是一样就是没信息,那么我推荐大家直接修改*lat_lon,也就是经纬度。由于经纬度是保留到小数点后两位,我们直接一次加0.01(在EXCEL往下拉快速填充即可!),对于位置几乎没影响,也可以区分样本,完美解决。

    还有问题的话可以关注我的w x公 号【木舟笔记】,直接后台私信。

### 将扩增子数据上传NCBI 为了将扩增子数据分析结果成功提交给NCBI,需遵循一系列特定流程以确保数据被正确接收并公开共享。以下是详细的指南: #### 准备工作 在准备阶段,应先整理好所有必要的元数据文件以及经过处理后的序列文件。这些通常包括但不限于样本描述表、实验设计文档和最终产生的特征表等。 对于具体的扩增子项目而言,在完成QIIME 2中的`qiime tools import`命令用于创建`.qza`格式的数据集之后[^1],还需要进一步提取FASTA或BIOM格式的结果以便于后续操作。 #### 创建账户与登录 访问[National Center for Biotechnology Information (NCBI)](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)官方网站,并注册BioProject账号。此步骤允许研究人员建立自己的研究计划条目来容纳即将发布的数据集合。 #### 提交元数据 通过[SRA Submitter Tool](https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/)工具填写关于此次测序活动的相关信息,比如采样地点、间范围以及其他任何有助于理解背景情况的内容。这一步骤非常重要,因为详尽准确的元数据能够极大提升其他科学家重复验证工作的可能性。 #### 数据打包与传输 按照官方指引准备好待上传的文件夹结构,其中至少要包含: - 原始reads(通常是fastq.gz压缩形式) - 处理过的OTU/ASV表格及其对应的代表性序列 - 可选但推荐提供的质量控制报告和其他辅助材料 利用FTP客户端或者Aspera Connect软件实现高效稳定的文件传送过程。值得注意的是,如果涉及大量数据,则建议采用后者以获得更快的速度体验。 #### 完成发布请求 当确认所有资料均已安全抵达服务器端后,即可向管理员发起正式审核申请。一旦得到批准通知,意味着整个提交流程圆满结束,相关资源也会同步更新到公共数据库供全球范围内查阅使用。 ```bash # 示例:假设已经完成了前期准备工作,现在需要上传一个名为example.fastq.gz的文件到指定位置 ascp -T -k1 -l400M /path/to/example.fastq.gz anonftp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:/uploads/ ```
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