跟着 Nature 学作图 | 复杂热图2.0(连续+分类变量)

最新推荐文章于 2025-03-11 09:56:16 发布

木舟笔记

最新推荐文章于 2025-03-11 09:56:16 发布

阅读量1.8k

点赞数

文章标签：移动开发人工智能 webgl opengl 可视化

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/details/125494815

版权

heatmap2.0

今天我们复现一幅2022年1月发表在Nature上的复杂热图。

Title：Multi-omic machine learning predictor of breast cancer therapy response

Link: https://www.nature.com/articles/s41586-021-04278-5

之前复现过的热图：

跟着Cell学作图|10.复杂热图
跟着 Cell 学作图 | 复杂热图(ComplexHeatmap)
跟着Nature学作图 | 配对哑铃图+分组拟合曲线+分类变量热图
R 实战| 几种常用的绘制离散变量热图/方块图/华夫图的方法
Q&A | 热图的单元格颜色和数值标签可以不一一对应吗？

本期图片

读图

本期热图亮点：

连续变量与分类变量同时展示
配色好看

结果展示

复现结果

示例数据和代码领取

点赞、在看 本文，分享至朋友圈集赞20个并保留30分钟，截图发至微信mzbj0002领取。

木舟笔记2022年度VIP可免费领取。

木舟笔记2022年度VIP企划

权益：

2022年度木舟笔记所有推文示例数据及代码(在VIP群里实时更新)。

资源合集
木舟笔记科研交流群。
半价购买跟着Cell学作图系列合集(免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集。

收费：

99￥/人。可添加微信：mzbj0002 转账，或直接在文末打赏。

绘制

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

木舟笔记

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

跟着Nature学作图：ggplot2包绘制森林图/误差棒图

a852232394的博客

07-24

5433

用于表示测量数据的中心趋势和误差范围。它通常包括一个表示中心趋势（如均值或中位数）的点，以及表示误差范围的线段或区域。误差范围可以表示标准差、标准误差、置信区间等。用于可视化多个研究结果或效应估计及其置信区间。它通常以垂直线段表示每个效应估计的置信区间，并根据效应估计的大小进行排序。森林图常用于荟萃分析和医学研究中。大家好，今天我将介绍如何使用R语言ggplot2包绘制个性化误差棒图和森林图。函数增加图层，用来映射三种不同的绘图背景，这也是一个不错的绘图技巧~函数用于绘制误差棒图。函数用来绘制森林图；

跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2做黑白格的热图

qq_38276803的博客

12-03

686

本地文件 s41564-021-00997-7.pdf 论文 Protective role of the Arabidopsis leaf microbiota against a bacterial pathogen 今天的推文来重复一下论文中的figure6a 今天的推文先画黑白格的热图，关于添加线段注释和左侧的绿色热图放到下期推文介绍首先是示例数据集读取数据 library(readxl) library(tidyverse) df<-read_excel("41564_202

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

ComplexHeatmap：制作复杂的热图

02-22

制作复杂的热图复杂的热图可以有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在的模式。在这里， ComplexHeatmap软件包提供了一种高度灵活的方式来安排多个热图，并支持各种注释图形。软件包可以直接将静态复杂热图导出到交互式Shiny应用程序中。试试！引文顾祖光，罗兰·埃尔斯和马蒂亚斯·施莱森，，生物信息学，2016年安装 ComplexHeatmap在上可用，您可以通过以下方式安装它： if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " ) BiocManager :: install( " ComplexHeatmap " ) 如果需要最新版本，请直接从GitHub安装： library( devtools ) in

跟着Nature Medicine学作图--复杂热图

weixin_45709930的博客

07-18

1204

从这个系列开始，师兄就带着大家从入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列！还不赶紧，学起来！本期分享的是昨天更新的NatureMedicine上面那篇文章中的一个复杂热图！...

用DeepSeek+Origin复现顶刊配图：效率提升300%的科研绘图指南，附：Nature级热图复现案例！

热门推荐

hx2024的博客

04-03

1万+

主要是热图+注释+图例的组合。熟悉这几个基础技能完成各种组合。单个热图由热图主体和各种热图组件组成（图 1A）。热图主体是具有单个颜色格子的二维排列，其中每个格子对应于输入矩阵中的一个特定值。热图组件包含标题、系统树图(dendrogram)、矩阵行和列的文字标签以及热图注释。这些组件可以放置在热图主体的四个侧面，每个组件都由为Heatmap对象定义的特定方法所管理。此外，热图主体可以在行和列上进行切分。热图注释包含与热图的行或列相关的附加信息。

跟着Nature学作图 | 配对哑铃图+分组拟合曲线+分类变量热图

weixin_45822007的博客

10-26

1584

今天要复现的图来自2019年的一篇Nature。也是非常经典的一篇组学文章。文章其它的图都比较常见，Fig1还是比较有意思的，咱们今天就来复现一下。“DOI: 10.1038/s41586...

跟着Cell学作图|10.复杂热图

weixin_45822007的博客

05-09

1031

10.复杂热图“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里...

跟着Nature学分析：R语言ggplot2包绘制高端组合图

a852232394的博客

05-29

842

'>", variable, "" 是一段用于创建一个带有指定颜色的标签。通过将这两个变量与一些HTML标签和样式属性组合在一起，可以生成一个具有指定颜色的标签。在这个特定的代码段中，使用了标签和 color 样式属性来设置标签的颜色。大家可以看到：原文图中有三组Y文本非黑色字体，这个并非P图实现，而是通过【ggtext包】实现，因此我们在绘图前需要对数据分组颜色进行赋值。函数，实现了Y轴字体颜色的映射，这是一个很好的绘图技巧，能增加图形的美观程度。

跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2画世界地图并用md语法添加文字标签

qq_41134427的博客

10-10

1307

我这里就不画国家的边界了，本来是想添加每个洲的边界的，但是暂时没有找到办法，想到了再来介绍吧。今天的推文我们重复一下论文中的Figure1a 世界地图。之前的推文介绍过世界地图添加采样地点。

Nature Communications 综述 | 土壤碳固存的复杂性：矿物结合有机物& 颗粒有机物（全文翻译）

stxz2020的博客

03-18

2403

本研究从矿物结合有机物(MAOM)库& 颗粒有机物(POM)库的形成途径、差异、影响因素等出发，提出了一个土壤碳库相关管理策略框架，即分库管理，因地制宜。研究指出使管理策略与土壤碳库的复杂性保持一致，将是解锁和保持土壤作为可持续碳汇的关键。

使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note1:简介

weixin_45822007的博客

04-05

1225

写在前面作为目前最常见的一种可视化手段，热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来安排多个热图，并支...

iMeta | 复杂热图(ComplexHeatmap)可视化文章最新版，画热图就引它

悟道西方

11-08

1923

复杂热图可视化 https://doi.org/10.1002/imt2.43 PROTOCOL ●2022年8月，德国癌症研究中心顾祖光在iMeta在线发表了题为“Complex heatmap visualization”的方法类文章。 ●该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap R包在复杂热图可视化方面的特性和功能。 ● 第一/通讯作者：顾祖光(z.gu@dkfz.de) 文章上线仅3个月，全文下载近万次(iMeta下载量最高论文)，Twitter上点赞过千

Pandas描述性分析分类变量及连续变量，Matplotlib简易制图

yali_shiduode的博客

05-10

2585

一单分类变量描述频数，例如：value_counts()描述分类变量柱形图二单连续变量描述统计量（均值，中位数，四分位数，总和等），例如：聚合函数agg（）描述价格变量直方图三分类变量与分类变量描述频数，例如：交叉表crosstab()描述各地区与是否学区房交叉表——堆叠柱状图四单分类变量与单连续变量描述连续变量统计值，例如，分组groupby()描述各地区的房价分布五双分...

使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note2:单个热图(万字超详细教程）

weixin_45822007的博客

04-10

3820

2. 单个热图2.1 颜色2.2 标题2.3 聚类2.3.1 距离方法2.3.2 聚类方法2.3.3 渲染树状图2.3.4 重排树状图2.4 设置行列顺序2.5 维度名称2.6 热图分割2...

R绘图(2): 离散/分类变量如何画热图/方块图

TOP生物信息

01-02

2957

相信很多人都看到过上面这种方块图，有点像“华夫饼图”的升级版，也有点像“热图”的离散版。我在一些临床多组学的文章里面看到过好几次这种图，用它来展示病人的临床信息非常合适，我自己也用R包或者AI画过类似的图。今天给大家演示一下，如何用ggplot2里面的geom_tile函数画这种图。先构造一个练习数据集，假设有15个病人，每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。 library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) lib.

跟着Nature学作图|十万播放量的相关性热图，手残党也可一秒学会！

weixin_45822007的博客

07-03

1253

nature的热图代码？

09-25

Nature杂志上发表的文章通常会使用多种数据可视化技术，其中热图是一种常见的展示大规模数据分布的方式。在Python中，你可以使用一些流行的数据可视化库如Seaborn或Matplotlib来创建热图。这里是一个基本的例子，假设你有一个二维数组"data"： ```python import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt # 假设data是一个二维数组，值代表了某种关联程度或频率 data = ... # 你需要填充实际的数据 # 创建一个seaborn热力图 plt.figure(figsize=(10, 6)) sns.heatmap(data, cmap='coolwarm', annot=True, fmt=".2f", xticklabels=False, yticklabels=False) # cmap选择颜色映射，annot=True添加数值 # 显示图形 plt.title('Nature热图示例') plt.show() ``` 在这个例子中，`cmap='coolwarm'`设置了颜色从冷色调到暖色调变化，`annot=True`使得每个单元格都显示数字，`fmt=".2f"`指定小数点后两位。