六、经验力场模型-分子力学
6.0 引言
1> ab initio方法——精确计算分子的电子性质，计算量大，对大分子无法计算
2> 半经验方法——通过近似，可以用于较大的有机分子，但对更大的如生物分子还是不适用
3> 分子力学——用来研究大分子体系的性质
6.1 分子力学模型 Molecular Mechanics（MM）
分子由原子组成，因此孤立分子或相互作用体系的势能是原子坐标的函数，采用Newton方程表示，不适用波函数或电子密度。因此分子力学可获得分子的平衡结构，振动光谱，热力学性质等，但不能求得体系与电子结构有关的性质。
6.2 势函数形式
6.2.1 键的伸缩振动能
典型的键伸缩振动能曲线符合Morse势，为了计算方便，键伸缩能经常采用谐振函数来表示，为提高计算准确性，可以加入高阶项（引入了S3次方，4次方。。）校正非谐振动的误差。
如MM3力场和MM3力场：
6.2.2 键的弯曲振动能（Bond Angel Bending）
PS1：键角的K较小，因为键角变化对能量的影响本来就小于键长；并且键角是用°来表示的，括号内是平房项，这个值的变化还是挺大的。
PS2：键角的势函数也可以添加高阶项来校正
6.2.3 二面角扭曲转动能 Torsional term（Dihedrals）
二面角扭曲转动能可表现键的旋转势垒，在分子力学中，常用Fourier级数模拟旋转势垒：
6.2.4 Improper Torsion
为保持平面构型或防止构型翻转，对二面角的变化设置energetic penalty
用距离平面的长度或者与平面的角度来表征
6.2.5 Cross Terms
为增加精度，一些力场增加了交叉项
6.2.6 Van der Waals interactions
6.2.7 Electrostatic Interactions
一般1-4或更远被视为非键，有时只有1-5才被完全视为非键相互作用，1-4需要修正（一般乘以一个缩小系数等）。
Cutoffs：为减少计算量，对大体系设置Cutoffs
6.2.8 Dipole-Dipole Interactions
MM2和MMX力场，键偶极矩也可以用来反映静电贡献。
（PDA近似就是使用跃迁偶极来描述的库伦相互作用）
6.3 力场
力场=势函数的解析式+参数 （相当于量化计算中的泛函&基组）
力场具有可移植性（不同的力场之间可以通过比较来移植）；
选择力场的时候，要考虑该力场对参数化对象的适用性和准确性
力场是经验性的，是精度和速度的折中
6.4 原子类型
分子力学计算必须定义：原子的坐标和原子类型——决定参数的选取
如：分子中的C原子并不相同：杂化形式，原子上的电荷，键连的原子等
6.5 参数化
一般参数可以从通用的力场参数文件中获得
如果缺乏某项参数，可采用相近原子类型的函数，也可以通过计算从其它力场移植
确定参数的工作十分复杂，一般从实验数据或者高水平量化计算结果拟合获得
一般性计算对参数的要求并非要达到尽善尽美，满足计算要求即可
6.5.1 电荷计算经验方法
由于大分子体系和生物体系中分子间相互作用主要决定于静电相互作用，因此电荷的计算十分重要。一般电荷的获得可根据ab initio计算或经验方法得到，经验方法主要有：
6.5.2 电荷计算ab initio方法
Mulliken方法，静电势拟合法 等等
6.6 常见力场
AMBER——Assisted model building with energy refinemet
CHARMM。。。
6.8 分子力学的应用
对给定构型和力场的分子，分子力学程序可以计算出能量。这个能量严格来讲应称之为空间能，其能量零点为一个假想分子的能量，该分子中，键长键角二面角和非键作用均为strainless值。
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