解决【R】Error: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE

前言

如题，最近在使用 Seurat V5 函数 SCTransform 时候遇到了报错：Error: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE，简单记录解决过程😑

报错场景

R 版本 4.2
Seurat 版本 5.0.2
BiocManager 版本 1.30.22
当运行：

 obj <- SCTransform(obj, verbose = FALSE) %>% RunPCA() 

报错：Error: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE

尝试运行：

obj <-SCTransform(obj, verbose = FALSE, useNames=TRUE)
# 或者
obj <- SCTransform(obj, verbose = FALSE, useNames=FALSE)

报错：Error in vst(useNames = TRUE, vst.flavor = “v2”, umi = new(“dgCMatrix”, : unused argument (useNames = …

解决过程

谷歌直接搜索报错：Error: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE

直接找到解决方法，一共两个：

1. remotes::install_version("matrixStats", version="1.1.0") # restart your session and run previous scripts
2. BiocManager::install(version = "3.18")

两个都试了一下

第一种安装指定版本，原因如下图，matrixStats包在最新版遗弃了参数useNames = NA的设置，把 warning 改成了 Error。安装上一版本即可。

但是，再次运行会出现很多warnings，内容和报错一样，只不过是warning：

Warning messages:
	1: useNames = NA is deprecated. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE.
	......

第二种直接升级 BiocManager 到 3.18，升级后，不论是 1.1.0 还是 1.2.0 的 matrixStats都没问题，但是，目前 3.18的 BiocManager 仅支持 R 大于等于 4.3

总结

遇到一些成熟的工具报错，排除数据格式问题后，基本都是其他依赖的版本问题……