安装bcftools

最新推荐文章于 2024-07-01 11:06:41 发布
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文章标签： perl
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本文链接：https://blog.csdn.net/sunwanying123/article/details/120643762
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博主在没有root权限的情况下遇到了使用conda安装的bcftools运行时提示缺少libcrypto.so.1.0.0库。为了解决这个问题，博主选择卸载conda并从官方网站下载SAMtools/BCFtools/HTSlib进行手动安装。通过指定自定义路径避免权限问题，但安装后bcftools仍报错找不到libcrypto.so.1.0.0。
摘要由CSDN通过智能技术生成

以为conda是万能的 就是bcftools 老说我缺lib  又没有root权限安装不了于是

然后就卸了 conda remove -- force bcftools （防止那些依赖的软件也被卸掉）

重新装 在网址下载 SAMtools/BCFtools/HTSlib - Downloads 

下载完 就make就行了 省的没权限 全改自己路径下就行了

./configure --prefix=/where/to/install
make
make install   -C /where/to/install -p /where/to/install

bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
sunwanying123
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安装Samtools、BCFtools、HTSlib详细步骤
zhengzaifeidelushang的博客
08-05 95
Samtools是一个用于处理和分析DNA序列比对数据（SAM/BAM格式）的软件工具包。它提供了一系列命令行工具，用于将SAM/BAM格式文件进行排序、索引、过滤、统计和转换等操作。Samtools还提供了一些API，可以用于编程语言（如C或Python）中处理SAM/BAM格式数据。Samtools和BCFtools都在内部使用HTSlib，但这些源代码包含了它们自己的htslib副本，所以它们可以独立构建。至此完成安装Samtools、BCFtools、HTSlib的安装。
bcftools ./configure失败报错
AnnyYoung的后花园
04-01 947
bcftools安装报错：1）configure: error: libbzip2 development files not found；2）configure: error: liblzma development files not found
bcftools的安装和使用已经bam to vcf 【bcftools】
m0_69574256的博客
11-28 2683
以下内容均是在课堂中，根据老师讲解与帮助完成部分文件和内容由老师提供和准备多种安装方式中，老师已经帮我们提前安装好，这里就不再上机演示了，只演示bam to vcf 【bcftools】的步骤。
BCFtools安装
最新发布
沉香best的博客
07-01 391
记得之前安装这个软件的时候是非常简单的，但是今天重新安装的时候出现了很多的麻烦，想想还是做个记录吧!然后，再重新运行make和make install，成功安装！打开Linux系统，键入以下命令进行下载。此时遇到了报错， 分别是下面这几个。这里我们选用的是1.2版本，即为最新版。查询了AI，使用以下代码可以完美解决。之后进入文件夹中，进行编译安装。下载完成后，解压文件。
bcftools-1.7.tar.bz2
11-21
该软件为测序数据分析中需用到的一个配套软件，安装简易
bcftools安装
weixin_42594968的博客
10-07 7699
bcftools下载地址：http://www.htslib.org/download/ Linux安装 wget -c https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.13/bcftools-1.13.tar.bz2 tar xjvf bcftools-1.13.tar.bz2^C cd bcftools-1.13 make make install 编译 echo 'PATH=$PATH:/home/luoyang/bcftools/b
bcftools安装简介
庐州月光的博客
06-28 1193
欢迎关注"生信修炼手册"！bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具，它可以处理VCF格式，也可以处理VCF对应的二进制文件。git...
bcftools学习笔记丨软件简介、安装方式、使用方法、核心功能、参数解释等一文速览
青笋的博客
05-27 2735
其中，-O z选项指定输出文件的格式为.gz压缩的VCF格式，-o选项指定输出文件名为output.vcf.gz，chr1:1000000-2000000表示需要筛选的区间。其中，-O z选项指定输出文件的格式为.gz压缩的VCF格式，-o选项指定输出文件名的前缀，%02d表示输出文件名中的序号，-l选项指定每个输出文件包含的记录数量。其中，-O z选项指定输出文件的格式为.gz压缩的VCF格式，-o选项指定输出文件名为merged.vcf.gz，后面跟着需要合并的多个VCF.gz文件名。
Bcftools的下载与安装
huashaonb666的博客
06-01 4911
写在前面 第一次写这玩意，文笔啥的大家见谅！主要是对自己的学习过程记录一下，话不多说上正菜。bcftools是在处理数据时经常用到的辅助软件。 下载过程： wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.8/bcftools-1.10.tar.bz2 tar xjvf bcftools-1.10.tar.bz2 cd bcftools-1.10/ ./configure --prefix=安装地址 make make install
【教程】如何使用BCFtools提取全基因组数据到芯片模拟数据？
qq_53947118的博客
06-30 2179
如果您使用的是Windows系统（至少Windows 10），操作这部分的内容建议下载解压Cygwin衍生的win10tools，并打开Cygwin.bat来在Windows模拟部分Linux系统环境。文末有win10tools的下载链接，如果失效，那么需从以下链接下翻找到Win10 Release Users来下载win10tools： WGS Extract Version 3 Beta | WGSExtract.github.iohttps://wgsextract.github.io/ 接着打开使用
在macOS的终端上使用conda安装软件时的镜像无效问题处理
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09-01 2785
在macOS的终端上使用conda安装软件时的镜像无效问题处理 事先声明 我是代码小白，非生物信息学科班出身，但是对分析数据很感兴趣，也的确有需求，求人不如求己，师兄总是教育我：“自己动手丰衣足食”，所以，时而放弃，时而接续。 以下内容非转载非照抄，都是自己亲身经历的，仅供参考，如有建议还请大佬们多多指点小弟，谢谢。 conda安装 这个就不再赘述了，网上有很多教程，图形化界面的或者命令行模式的版本都有，按需索取即可，声明一下，我这里安装的是anaconda3，电脑版本为2017年的MacBook Air（
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镜像下载、域名解析、时间同步请点击 阿里云开源镜像站 遇到问题：安装2021版本后无法打开Anaconda Navigator 解决方案：使用管理员身份打开Avaconda Prompt，输入conda update anaconda-navigator 遇到问题：报错： #安装在d盘 HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/win-64/current_repodata.json>分析是国内
基因数据处理26之bcftools安装和使用
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05-27 9809
1.下载：https://github.com/samtools/bcftools2.安装 make make install3.结合samtools使用 对排序好的bam数据用samtools生成bcf文件：xubo@xubo:~/xubo/data/testTools/se$ samtools mpileup -ugf ../hs38DH.fa hs2.sort.bam >hs2.bcf
生物软件安装与使用--11 bcftools 的安装与使用
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11-27 478
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分，用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可以用于 SNP 和 Indel 的过滤、注释、统计和可视化等操作。
conda 安装bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25 问题
weixin_47533871的博客
12-19 1430
1. 通过conda安装bcftools后运行报libgsl.so.25问题。3. 解决方法，可以直接创建软链接使得libgsl.so.25链接到已有的。4. 运行bcftools --version确认问题是否解决。2. 查看libgsl动态链接库。
samtools + bcftools
jiangshandaiyou的博客
06-24 255
samtool + bcftools
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