孟德尔随机化:Steiger Test避免反向因果关系

Steiger Test避免反向因果关系

以下steiger test方法是一个新的方法学,增加后提升提取工具变量的稳健性,没有的话也不影响文章内容。

看自己的需要。跑分析过程中,如果是GWAS数据没有samplesize,自己又需要这个内容,请自己增加samplesize再操作。

在暴露A->结局B的孟德尔随机化因果关系分析时,SNP与暴露A的相关性要比结局B的大,否则会产生反向因果关系,即SNP不能作为暴露的工具变量(孟德尔三大假设排他性)

在提取暴露的工具变量过程中,除了过滤与结局显著相关的SNP外(代码中默认5e-5)

可以引入Steiger Test统计量,来过滤掉这部分SNP

Steiger Test的作用:

1.检测SNP与结局的相关性是否比暴露的大

2.未通过该测试的SNP可能与暴露无关,在分析前筛选

代码使用:

来源于 psych包的r.test

升级MendelR到6.0版本

 

  • 0
    点赞
  • 8
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

皮肤小白生

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值