microRNA-靶标相互作用及疾病和药物关联分析

学习手册

本期我们介绍的multiMiR，既是一个R包、也是一个数据库，它提供了一个综合的平台来分析miRNA(miRNA（microRNA）是一类长度为18-25个核苷酸的非编码小RNA分子，能够通过与靶mRNA的3’非翻译区（3’UTR）或其他区域结合，调控基因的表达)与靶基因之间的相互作用。其拥有超过5000万条记录，覆盖人类和小鼠，数据来源于14个不同的数据库，包括实验、计算以及基于疾病注释和药物反应的数据库。multiMiR的一个显著特点是它允许用户自定义预测结合强度的截止值，以确保选择最可靠的靶点。此外，multiMiR在多个生物医学应用中得到了验证，包括小鼠酒精消费模型、人类慢性阻塞性肺病研究和膀胱癌细胞系模型的转移研究，它还被用来生成可实验验证的假设，从而支持实验研究。

miRNA的表达水平在多种疾病中发生异常，尤其在癌症、心血管疾病、神经退行性疾病和免疫系统疾病中具有显著影响。具体作用包括：

癌症：miRNA在癌症中的作用主要体现在其调控肿瘤抑制基因或癌基因。例如，miR-21、miR-155和miR-34a等miRNA与肿瘤细胞的增殖、迁移、侵袭等特性相关。miRNA也被用作潜在的癌症生物标志物。

心血管疾病：如miR-1和miR-133a参与心肌细胞的生长和心脏的发育调控，miR-21和miR-29在心血管疾病的纤维化过程中发挥作用。

神经退行性疾病：在阿尔茨海默病和帕金森病等神经系统疾病中，miRNA通过调控神经细胞的存活、死亡、炎症反应等过程，参与病理发展。

因此，本教程将通过multiMiR来完成microRNA-靶标相互作用及疾病和药物关联分析过程。

本教程可视化集锦：

 -Biomamba

所见即所得

学习手册以html文件格式提供，可在浏览器中打开并翻阅学习

教程目录：

一、文献阅读

  1.1 研究背景介绍

    1.1.1 miRNA的调控机制及其在一些疾病中的作用

    1.1.2 miRNA-mRNA的相互作用机制

    1.1.3 miRNA靶基因预测中的挑战

  1.2 multiMiR 介绍

  1.3 multiMiR 数据库的组成

  1.4 get.multimir函数的使用方法

二、multiMiR R语言实操

  2.1 安装 multiMiR R语言

  2.2 multiMiR 输入文件

  2.3 get.multimir函数

  2.4 get.multimir实例

  2.5 基于预测结果的下游可视化

环境版本信息

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